随笔分类 - 生信
摘要：001、 plink --file test --genome --out result ## DST表示个体间具有的相同等位基因的数目占基因组等位基因数目的比例 。
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摘要：001、--distance选项，计算具有不同位点的数目 plink --file test --distance --out result ## 结果文件为每一个个体具有不同的SNP的数目，下三角矩阵形式展示，省略了第一行和最后一列 。 002、 结果以完整矩阵的形式展示 plink --file
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摘要：001、 命令 plink --file new --allow-extra-chr --check-sex --out sex_check 002、结果 0表示未知； 1表示雄性； 2表示雌性。
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摘要：001、计算所有位点覆盖度 samtools depth -@ 8 sample.bam > sample.depth ## 利用samtools计算所有比对位点的覆盖度 002、计算性染色体相对覆盖度 awk '{t_sum += $3; if($1 == "chrX") {x_sum += $3
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摘要：001、vcftools计算选择信号滑窗参数 vcftools --vcf PopA_PopB.vcf --weir-fst-pop PopA.txt --weir-fst-pop PopB.txt --fst-window-size 50000 --fst-window-step 20000 --
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摘要：001、 官方链接 https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531112--How-to-Filter-variants-either-with-VQSR-or-by-hard-filtering 002、SNP、 gatk V
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摘要：001、官网： https://sourceforge.net/projects/snepnetrends/ 002、脚本： SNeP1.1 -ped sample_name.ped -map sample_name.map -threads 10 -ld -out ./sample_name ##
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摘要：001、 vcftools --gzvcf raw.filtered.vcf.gz --minDP 2 --recode --recode-INFO-all --out result --minDP 2: 表示根据比对深度过滤， 只保留比对深度大于2的位点。 冒号分割的第三列是比对深度值： grep
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摘要：001、samtools idxstats 参数选项说明 [sy20213040737@admin2 zz_test_bam]$ ls ### 测试目录 ERR12389574.sorted.markdup.bam ERR12389574.sorted.markdup.bam.bai step1.s
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摘要：https://zhuanlan.zhihu.com/p/580033911
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摘要：001、 分离SNP和indel vcftools --vcf snp_indel.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_onlyref：01、https://zhuanlan.zhihu.com/p/580033911
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摘要：001、vcftools计算基因组观测杂合度
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摘要：001、vcftools根据个体id提取数据 [b20223040323@admin2 test5]$ ls ## 测试数据 id.list outcome.vcf [b20223040323@admin2 test5]$ cat id.list ## 提取的ID GMM5 GMM6 GMM7 GM
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摘要：001、问题 002、问题原因：ped文件用tab分割 [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.map outcome.ped step1.slurm [b20223040323@admin2 test5]$ head outcome.ped | cut -f
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摘要：001、featureCount命令报错：ERROR: Paired-end reads were detected in single-end read library : SRR208975 featureCounts -a GCF_034140825.1_ASM3414082v1_genomi
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摘要：001、SRA数据下载丢失质量值信息 使用的转换命令如下： fastq-dump --gzip --split-files -A sample_name sample_name.lite.1 zcat SRR17344673_1.fastq.gz | head -n 4 002、解决方法： a、改用
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摘要：pfastq-dump 软件的安装以及测试 001、官网：https://github.com/inutano/pfastq-dump 002、下载最新版 wget -c https://github.com/inutano/pfastq-dump/archive/refs/tags/v0.1.6.
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls a.txt b.txt test [root@PC1 test]# tree . ├── a.txt ├── b.txt └── test 1 directory, 2 files [root@PC1 test]# find *.txt a.txt
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摘要：001、 软件下载： github网站：https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay 002、下载最新版本 wget -c https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay/archive/refs/tags/v3.43.t
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摘要：001、测试文件vcf文件 (base) [b20223040323@admin2 02_NJ_tree]$ ls outcome.vcf 002、格式转换；输入文件为vcf文件 run_pipeline.pl -Xms1G -Xmx5G -importGuess outcome.vcf -Expo
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