samtools idxstats 参数选项说明

 

001、samtools idxstats 参数选项说明

[sy20213040737@admin2 zz_test_bam]$ ls       ### 测试目录
ERR12389574.sorted.markdup.bam  ERR12389574.sorted.markdup.bam.bai  step1.slurm
[sy20213040737@admin2 zz_test_bam]$ samtools idxstats ERR12389574.sorted.markdup.bam > ERR12389574.txt   ## 运行命令
[sy20213040737@admin2 zz_test_bam]$ ls  
ERR12389574.sorted.markdup.bam  ERR12389574.sorted.markdup.bam.bai  ERR12389574.txt  step1.slurm
[sy20213040737@admin2 zz_test_bam]$ head ERR12389574.txt       ## 查看统计结果
NC_056054.1     278617202       2174912 313      ## 第一列scaffold； 第二列scaffold的长度；第三列 比对上的reads数目； 第四列 未必对上的readss？ 
NC_056055.1     250202058       1936385 324
NC_056056.1     226089100       1748379 236
NC_056057.1     121578099       940480  134
NC_056058.1     108220788       871162  108
NC_056059.1     118469697       905764  139
NC_056060.1     101274418       774824  126
NC_056061.1     91792871        685747  115
NC_056062.1     95179658        722310  137
NC_056063.1     86459471        655271  138

 。

 

002、

[sy20213040737@admin2 zz_test_bam]$ tail ERR12389574.txt
NW_024599825.1  98739   582     0
NW_024599826.1  1916539 13847   1
NW_024599827.1  1776320 13843   1
NW_024599828.1  1554126 11563   0
NW_024599829.1  940216  8013    1
NW_024599830.1  87838   41438   3
NW_024599831.1  88990   7238    1
NW_024599832.1  86873   397     1
NC_001941.1     16616   3668    2
*       0       0       64216          ## 代表无法归属于任何已知染色体的 reads

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