phylip 中利用NJ法构建进化树

 

001、测试文件vcf文件

(base) [b20223040323@admin2 02_NJ_tree]$ ls
outcome.vcf

 

002、格式转换；输入文件为vcf文件

run_pipeline.pl -Xms1G -Xmx5G -importGuess outcome.vcf -ExportPlugin -saveAs sequences.phy -format Phylip_Inter       ## 格式转换

(base) [b20223040323@admin2 02_NJ_tree]$ ls        ## 运算完成
outcome.vcf  sequences.phy
(base) [b20223040323@admin2 02_NJ_tree]$ ll -h
总用量 6.9M
-rw-rw-r-- 1 b20223040323 b20223040323 6.9M 3月   3 12:01 outcome.vcf
-rw-rw-r-- 1 b20223040323 b20223040323 1.8M 3月   5 23:37 sequences.phy

 。

 

003、生成dnadist需要的配置文件

echo -e "sequences.phy\nY" > dnadist.cfg

 

004、运行dnadist生成距离矩阵文件

dnadist < dnadist.cfg  >dnadist.log

 .

 

005、生成neighbor程序需要的配置文件

mv outfile infile.dist
echo -e "infile.dist\nY"  > neighbor.cfg

 。

 

006、构建nj树

neighbor  <  neighbor.cfg  >nj.log

 

007、整理结果格式

less infile.dist | tr '\n' '|'| sed 's/| / /g' | tr '|' '\n' >infile.dist.table
less outtree | tr '\n' ' '|sed 's/ //g' > outtree.nwk

 。

 

008、在itol中可视化：

 。

 

 

reference：

01、https://zhuanlan.zhihu.com/p/574616718