小鲨鱼2018

摘要： samtools从bam文件中随机抽取一定比例的reads 001、 samtools view -s 0.241 CDG56.mapped.bam 从 CDG56.mapped.bam 中随机抽取约 24.1% 的 reads 并输出。 。 阅读全文

摘要： Linux 中快速从查看vc文件中指定位置的碱基。 001、 (base) [b20223040323@admin2 x_test]$ time bcftools view NC_056078.1.vcf.gz -r NC_056078.1:178568-178568 | grep -v "^#" 阅读全文

摘要： bcftools 快速查看vcf文件特定位点基因型方法 001、 bcftools view chr_name.vcf.gz NC_056078.1:178568 阅读全文

摘要： bcftools 从 vcf文件中快速获取染色体信息和变异数目信息 001、命令 bcftools index -s whole_genome_filtered_snp_impute_maf001.recode.vcf.gz 如何结果： . 阅读全文

摘要： 001、报错日志： a、org.broadinstitute.hellbender.exceptions.GATKException: Error initializing feature reade b、Caused by: java.io.IOException: Unexpected comp 阅读全文

摘要： 001、准备配置文件 (base) [b20223040323@admin2 02_v2]$ head chr_map.txt NC_056054.1 1 NC_056055.1 2 NC_056056.1 3 NC_056057.1 4 NC_056058.1 5 NC_056059.1 6 NC 阅读全文

摘要： 001、Beagle填充报错：The first genotype is diploid, but the genotype at position NW_024599719.1:207426 is haploid 002、使用命令 java -Xmx160g \ -jar /public/home 阅读全文

摘要： Linux中awk语句对不同字段字符的截取。 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt 01 02abcr03 04 05 06 07abcr08 09 10 11 12abcr13 14 15 16 17abcr18 19 阅读全文

摘要： 001、 基础脚本 mafft --thread xx --globalpair --maxiterate 1000 combined.fasta ## xx为线程数目 002、速度对比(100个绵羊线粒体基因组） (base) [b20223040323@admin2 x_test_step2]$ 阅读全文

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 阅读全文