摘要：
001、 [root@PC1 test]# ls hy_.txt [root@PC1 test]# cat hy_.txt ## 测试数据 Y-HA NOS453 BAJ16 SSS39 CJL300 Y-HB1 OB-060 SSS41 MG366 Y-HB2 Jaf09 NEL34RAM Y-H 阅读全文
posted @ 2025-06-10 10:20
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001、提取文件准备： 第一列为染色体名称，第二列为物理位置： 002、提取命令 vcftools --vcf renamed2.vcf --positions contig_pos_ref.txt --recode --out extracted 阅读全文
posted @ 2025-06-07 11:22
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001、 bcftools实现 bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS' -o renamed.vcf -O v input.vcf 002、 使用awk命令安装 snp数字递增的形式重命名 #!/usr/bin/env bash awk 'BEGIN{O 阅读全文
posted @ 2025-06-07 10:49
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001、 a、准备重命名文件 第一列原始染色体名称，第二列计划修改的染色体名称: b、 bcftools annotate --rename-chrs chr_rename.txt -o renamed.vcf -O v input.vcf . 阅读全文
posted @ 2025-06-07 10:05
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001、过滤掉ALT字段中包含*的变异位点 bcftools view -e 'ALT~"\*"' input.vcf -o filtered.vcf -O v 阅读全文
posted @ 2025-06-07 09:06
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001、format格式化字符串 a、 >>> "{} {}={}".format("aa", "bb", "cc") ## 默认是位置参数，格式化字符串位于{}中 'aa bb=cc' b、指定位置参数格式话 >>> "{2} {0}={1}".format("aa", "bb", "cc") # 阅读全文
posted @ 2025-06-01 23:52
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001、 plink --file outcome --mac 4 --recode tab --out xxx 阅读全文
posted @ 2025-05-31 18:04
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001、 (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls ## 测试数据 outcome.map outcome.ped (base) [b20223040323@admin2 test5]$ cat outcome.ped DOR 1 0 0 0 -9 G G C C 阅读全文
posted @ 2025-05-31 17:31
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001、bcftools软件实现对vcf格式文件进行个体ID的重命名(vcf 文件可以是压缩格式） bcftools reheader -s rename.txt -o NC_082741_y_male_step4.vcf NC_082741_y_male_step3.vcf rename.txt格 阅读全文
posted @ 2025-05-31 16:31
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摘要：
使用PAUP软件基于最大简约发构建系统进化树 001、将vcf格式转换为fasta格式： (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.vcf (base) [b20223040323@admin2 test5]$ vcf2phylip.py --in 阅读全文
posted @ 2025-05-30 23:15
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