小鲨鱼2018

2025年11月13日

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试文本 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 阅读全文

posted @ 2025-11-13 23:50 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk命令如何从文本中提取偶数列和奇数列

摘要： 001、提取偶数列 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试文本 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 2 阅读全文

posted @ 2025-11-13 23:08 小鲨鱼2018 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 awk脚本输出文本的最后几列和前几列

摘要： 001、输出文本的最后几列 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 阅读全文

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2025年11月12日

ReadAlignChunk_processChunks.cpp:204:processChunks EXITING because of FATAL ERROR in input reads: wrong read ID line format: the read ID lines should start with @ or >

摘要： 01、 STAR 比对软件报错如下： 02、问题原因 fastq文件为压缩格式 03、解决方法，增加参数： --readFilesCommand zcat。阅读全文

posted @ 2025-11-12 15:12 小鲨鱼2018 阅读(4) 评论(0) 推荐(0)

2025年11月8日

Linux中查看个人磁盘容量

摘要： 001、 lfs quota -u s20223040682 /public/home/s20223040682 阅读全文

posted @ 2025-11-08 18:12 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)

2025年11月3日

fastp数据质控

摘要： 001、参数选择 fastp -i sample_name_1.fastq.gz -o sample_name_qc_1P.fastq.gz -I sample_name_2.fastq.gz -O sample_name_qc_2P.fastq.gz --thread 4 -g -q 20 -u 阅读全文

posted @ 2025-11-03 10:37 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

2025年10月27日

Linux 中basename命令仅保留路径下的文件名或者剔除文件名的后缀

摘要： 001、 [root@pc1 test]# basename /home/test/test/SRR21713860_1.fastq.gz ## 保留路径下的文件名 SRR21713860_1.fastq.gz [root@pc1 test]# basename /home/test/test/SR 阅读全文

posted @ 2025-10-27 22:56 小鲨鱼2018 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)

2025年10月22日

linux 中sed命令 d与g选项的区别

摘要： 001、 (base) [b20223040323@admin2 x_downloadagain]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin2 x_downloadagain]$ cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 阅读全文

posted @ 2025-10-22 09:43 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

2025年10月18日

连续两行fastq、连续两行MD5值如何转换为每行一个fastq一个MD5格式

摘要： 001、shell实现 (base) [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试数据 SRR5534377_1.fastq.gz SRR5534377_2.fastq. 阅读全文

posted @ 2025-10-18 22:50 小鲨鱼2018 阅读(7) 评论(0) 推荐(0)

2025年10月17日

EVA变异数据的查找及下载

摘要： 001、EVA官网：https://www.ebi.ac.uk/eva/?utm_source=chatgpt.com 002、输入项目编号： a、 b、 c、 d、 e、选1或者2下载。阅读全文

posted @ 2025-10-17 16:07 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(0)

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