plink软件中计算距离矩阵

 

001、--distance选项，计算具有不同位点的数目

plink --file test --distance --out result    ## 结果文件为每一个个体具有不同的SNP的数目，下三角矩阵形式展示，省略了第一行和最后一列

 。

 

002、 结果以完整矩阵的形式展示

plink --file test --distance square --out result    ## 矩阵中的每一个元素为个体间的不同的SNP的数目

 

003、右对角矩阵以0展示

plink --file test --distance square0 --out result

 

004、生成距离矩阵

plink --file test --distance-matrix --out result     ## 矩阵中的每一个值代表了不同的等位基因站基因座中等位基因的比例

 

005、

plink --file test --distance ibs --out result   ## 表示相同的等位基因占基因座等位基因总数的比例

 

006、

plink --file test --distance ibs square --out result     ## 以完整矩阵的形式展示

 

007、

plink --file test --distance 1-ibs  --out result    ## 矩阵元素的值为个体间不同的等位基因占基因座等位总数的比例

 

008、

plink --file test --distance 1-ibs square --out result       ## 结果以完整矩阵的形式展示

 。

 

009、

plink --file test --distance 1-ibs square flat-missing --out result  ## flat-missing 表示对缺失位点进行矫正

 。