生信 - 随笔分类 - 小鲨鱼2018

Linux 中统计每条染色体上gap的数目

摘要：001、将fasta碱基转换为一行 (base) [b20223040323@admin2 test11]$ ls a.fasta (base) [b20223040323@admin2 test11]$ cat a.fasta >chr1 AANNNAACC CCNNTTTTN NNGGGG >c 阅读全文

posted @ 2025-12-11 16:14 小鲨鱼2018 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中如何将fasta文件的每一个scaffold的碱基转换成一行显示

摘要：001、awk (base) [b20223040323@admin2 test11]$ ls a.fasta (base) [b20223040323@admin2 test11]$ cat a.fasta ## 测试fasta文件 >chr1 xxx yyy AAAACCCCTTTT GGGG 阅读全文

posted @ 2025-12-11 10:32 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)

如何保留fasta文件scaffold名称的第一个字段作为scaffold的名称

摘要：001、 seqkit实现 (cactus_env) [b20223040323@admin2 test]$ ls test.fa (cactus_env) [b20223040323@admin2 test]$ cat test.fa ## 测试fasta文件 >scaffold1 xxx yyy 阅读全文

posted @ 2025-12-09 11:51 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)

seqkit命令对fasta文件scaffold批量重命名

摘要：seqkit命令对fasta文件scaffold批量重命名 001、查看原始的scaffold名称： (base) [b20223040323@admin2 GCA_024222265.1_ASM2422226v1]$ grep "^>" GCA_024222265.1_ASM2422226v1_g 阅读全文

posted @ 2025-12-05 10:32 小鲨鱼2018 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)

对g.vcf文件进行压缩，并构建索引

摘要：001、对g.vcf文件进行压缩 step1：bgzip xx.g.vcf step2：tabix -p vcf xx.g.vcf.gz. 阅读全文

posted @ 2025-12-01 09:29 小鲨鱼2018 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)

将SRA格式数据转换为fastq格式

摘要：001、 fasterq-dump SRR33287869 -O ./fastq/ -e 2 阅读全文

posted @ 2025-12-01 09:28 小鲨鱼2018 阅读(23) 评论(0) 推荐(0)

利用短读长测序评估基因组组装的QV值

摘要：001、对评估基因组生成yak yak count -K1.5g -t32 -o asm.yak GCA_022432835.1_ASM2243283v1_genomic.fna 002、对短读长数据生成yak yak count -b37 -t32 -o sr.yak <(zcat SRR171 阅读全文

posted @ 2025-11-29 12:09 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(0)

基因组组装：Hifiasm 使用教程

摘要：https://developer.aliyun.com/article/1479835 阅读全文

posted @ 2025-11-29 10:27 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

minidot软件的安装

摘要：github地址：https://github.com/thackl/minidot 001、 git clone https://github.com/thackl/minidot.git 002、 cd minidot/bin/ ./minidot 。阅读全文

posted @ 2025-11-27 17:53 小鲨鱼2018 阅读(16) 评论(0) 推荐(0)

minimap2 + dotPlotly基因组共线性分析

摘要：001、minimap2比对，生成paf格式数据 minimap2 -t 16 -x asm5 GCA_024222175.11_27.fna GCF_016772045.2_ARS-UI_Ramb1_27.fna > Romanov_vs_Ramb.paf 002、下载可视化工具：dotPlot 阅读全文

posted @ 2025-11-26 23:46 小鲨鱼2018 阅读(24) 评论(0) 推荐(0)

contig 和 scaffold的区别和联系

摘要：001、。。阅读全文

posted @ 2025-11-19 22:59 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(0)

fasta文件计算 N50

摘要：001、软件安装 conda install -c bioconda quast quast origin_assemble_result_markdup.fa 。 002、指定输出文件夹的名称 quast GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna -o GCF_00 阅读全文

posted @ 2025-11-19 21:45 小鲨鱼2018 阅读(7) 评论(0) 推荐(0)

ReadAlignChunk_processChunks.cpp:204:processChunks EXITING because of FATAL ERROR in input reads: wrong read ID line format: the read ID lines should start with @ or >

摘要：01、 STAR 比对软件报错如下： 02、问题原因 fastq文件为压缩格式 03、解决方法，增加参数： --readFilesCommand zcat。阅读全文

posted @ 2025-11-12 15:12 小鲨鱼2018 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)

fastp数据质控

摘要：001、参数选择 fastp -i sample_name_1.fastq.gz -o sample_name_qc_1P.fastq.gz -I sample_name_2.fastq.gz -O sample_name_qc_2P.fastq.gz --thread 4 -g -q 20 -u 阅读全文

posted @ 2025-11-03 10:37 小鲨鱼2018 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)

连续两行fastq、连续两行MD5值如何转换为每行一个fastq一个MD5格式

摘要：001、shell实现 (base) [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试数据 SRR5534377_1.fastq.gz SRR5534377_2.fastq. 阅读全文

posted @ 2025-10-18 22:50 小鲨鱼2018 阅读(12) 评论(0) 推荐(0)

EVA变异数据的查找及下载

摘要：001、EVA官网：https://www.ebi.ac.uk/eva/?utm_source=chatgpt.com 002、输入项目编号： a、 b、 c、 d、 e、选1或者2下载。阅读全文

posted @ 2025-10-17 16:07 小鲨鱼2018 阅读(21) 评论(0) 推荐(0)

国家生物信息数据下载

摘要：000、 a、实例页面 https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA017832 b、aspera密钥文件下载（不同数据库使用的密钥文件有可能是不一样的） c、元数据（用于批量下载） 001、示例数据下载 ascp -P33001 -i /public/home/b 阅读全文

posted @ 2025-10-04 10:28 小鲨鱼2018 阅读(18) 评论(0) 推荐(0)

重测序数据fastp数据质控及fastQC质量评估

摘要：001、 fastp -i sample_name_1.fq.gz -o sample_name_qc_1P.fastq.gz -I sample_name_2.fq.gz -O sample_name_qc_2P.fastq.gz --thread 4 -g -q 20 -u 30 -l 150 阅读全文

posted @ 2025-10-02 18:26 小鲨鱼2018 阅读(15) 评论(0) 推荐(0)

使用kraken2 命令对重测序数据进行物种分类

摘要：001、 ## step1: mkdir sheep_db ## 创建数据库目录 ## step2: download the taxonomy information kraken2-build --download-taxonomy --db sheep_db ## 下载物种分类信息 ## st 阅读全文

posted @ 2025-10-02 18:23 小鲨鱼2018 阅读(30) 评论(0) 推荐(0)

python脚本统计fastq数据的GC含量

摘要：001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413_1.fastq test.py (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat test.py ## 脚本 #!/usr/bin/env python # -*- 阅读全文

posted @ 2025-10-02 11:02 小鲨鱼2018 阅读(10) 评论(0) 推荐(0)

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