vcftools 中 --minDP 2 参数

 

001、

vcftools --gzvcf raw.filtered.vcf.gz --minDP 2 --recode --recode-INFO-all --out result

--minDP 2: 表示根据比对深度过滤， 只保留比对深度大于2的位点。

 

 

冒号分割的第三列是比对深度值：

grep -v "^#" vcftools_filter.recode.vcf | head | cut -f 10

 

 

ref：

01、https://www.jianshu.com/p/6e1a206b2475