生信 - 随笔分类(第2页) - 小鲨鱼2018

perl -MCPAN -e "install GD"；

摘要：001、 Package gdlib was not found in the pkg-config search path.Perhaps you should add the directory containing `gdlib.pc'to the PKG_CONFIG_PATH enviro 阅读全文

posted @ 2025-09-23 15:44 小鲨鱼2018 阅读(6) 评论(0) 推荐(0)

重测序数据分析中vcf文件ALT列出现星号*的原因

摘要：001、原因：二倍体生物，一条染色体的在该位置有碱基，另一条染色体该位置缺失，用*号代替该位置，表示不确定，非特定等位基因在vcf文件中,正常的表示表示0/0， 0/1， 1/1三种基因型；如果包含这种不确定的碱基，则会出现2的情况，因此下游分析中通常直接删除掉。 ref: 01、https:/ 阅读全文

posted @ 2025-09-03 16:47 小鲨鱼2018 阅读(23) 评论(0) 推荐(0)

centos7中安装 axtchain 命令

摘要：001、系统信息 (base) [b20223040323@admin2 test]$ cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、官网下载：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/admi 阅读全文

posted @ 2025-09-01 15:51 小鲨鱼2018 阅读(12) 评论(0) 推荐(0)

使用liftOver进行不同版本参考基因组坐标的转换

摘要：使用liftover进行不同版本参考基因组坐标的转换 001、软件下载 https://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 002、chain文件下载 https://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.ht 阅读全文

posted @ 2025-08-30 22:07 小鲨鱼2018 阅读(114) 评论(0) 推荐(0)

megacc构建进化树infer_NJ_distances.mao文件的生成

摘要：megacc构建进化树infer_NJ_distances.mao文件的生成 001、打开mega，点击prototype，选择pairwise distance 002、 003、 004、保存。 ref: 01、https://www.omicsclass.com/article/568 阅读全文

posted @ 2025-08-26 11:58 小鲨鱼2018 阅读(25) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中基因组数据基于IBS矩阵构建邻接树

摘要：Linux 中基因组数据基于IBS矩阵构建邻接树 001、 plink计算ibs矩阵 plink --file outcome --distance 1-ibs flat-missing --out ibs 002、转换为meg格式 echo -e '#Mega\n!ibsmat' | cat 阅读全文

posted @ 2025-08-26 11:15 小鲨鱼2018 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中普通用户megacc命令的安装

摘要：centos7 中普通用户megacc命令的安装 001、下载官网：https://www.megasoftware.net/ 002、依次点 003、依次点 004、使用以下命令安装 rpm2cpio megax-cc-10.2.6-1.x86_64.rpm | cpio -idmv 005 阅读全文

posted @ 2025-08-26 11:01 小鲨鱼2018 阅读(20) 评论(0) 推荐(0)

Linux系统中普通用户无sudo权限安装 rpm包

摘要：001、查看下系统 [liujiaxin01@PC1 test]$ cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 9.4 (Blue Onyx) 002、测试是否具有sudo权限 [liujiaxin01@PC1 test]$ sudo -l [sudo] 阅读全文

posted @ 2025-08-26 10:48 小鲨鱼2018 阅读(30) 评论(0) 推荐(0)

R语言绘制单倍型热图

摘要：001、将vcf数据转换为绘图格式，每个基因型转换为单个数值-1~2。 vcftools --vcf file.vcf --chr 1 --from-bp 40000 --to-bp 60000--012 --out chr12_region 002、绘图： dat <- read.table(" 阅读全文

posted @ 2025-08-12 22:50 小鲨鱼2018 阅读(68) 评论(0) 推荐(0)

busco软件的安装以及使用

摘要：001、busco软件的安装以及使用 conda create --name busco conda activate busco conda install -c conda-forge -c bioconda busco=5.6.0 002、测试效果 busco --version 003、测试阅读全文

posted @ 2025-08-04 09:51 小鲨鱼2018 阅读(330) 评论(0) 推荐(0)

plink软件二分类 logistic GWAS分析中 P值为NA

摘要：001、当协变量给前3个PCA时，结果为NA 002、当协变量给前2个PCA时，结果正常。阅读全文

posted @ 2025-08-03 17:57 小鲨鱼2018 阅读(12) 评论(0) 推荐(0)

CMplot包中修改pdf的长宽比例

摘要：001、 pdf("xxx.pdf", width = 8, height = 8) # 调整PDF的宽高比例，更适合阅读 CMplot(data1, type = "p", plot.type = "m", LOG10 = FALSE, col = c("blue4", "orange3"), c 阅读全文

posted @ 2025-07-26 17:10 小鲨鱼2018 阅读(22) 评论(0) 推荐(0)

fasta转换为phylip格式单样本一行

摘要：001、 from Bio import AlignIO alignment = AlignIO.read("input.fasta", "fasta") AlignIO.write(alignment, "output.phy", "phylip-sequential") 。阅读全文

posted @ 2025-06-27 19:25 小鲨鱼2018 阅读(21) 评论(0) 推荐(0)

线粒体基因组数据构建 network

摘要：001、原始fasta格式数据的多序列比对 mafft --auto --thread 4 all_460_trim02.fasta > aligned_sequences.fasta 002、fasta格式数据转换为phy格式 DNAsp软件实现： 003、network软件计算： 004、 00 阅读全文

posted @ 2025-06-27 16:56 小鲨鱼2018 阅读(15) 评论(0) 推荐(0)

seqmagick 软件将fasta格式转换为phylip格式

摘要：001、 seqmagick convert aligned_sequences.fasta output.phy 002、 seqmagick convert --output-format phylip --phylip-sequential aligned_sequences.fasta ou 阅读全文

posted @ 2025-06-26 22:42 小鲨鱼2018 阅读(42) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中 seqmagick 软件的安装

摘要：001、 conda install -c bioconda seqmagick 002、 seqmagick 。阅读全文

posted @ 2025-06-25 00:12 小鲨鱼2018 阅读(15) 评论(0) 推荐(0)

vcftools根据snpID 提取数据和删除数据

摘要：001、删除数据 vcftools --recode-INFO-all --vcf geno_snp_rm_het.recode.vcf --exclude female_sites.list --recode --out rm_female_sites 002、提取数据 vcftools --re 阅读全文

posted @ 2025-06-24 19:08 小鲨鱼2018 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)

bwa + gatk最佳实践流程比对全基因组、单独比对染色体比对深度的差异

摘要：001、 bwa + gatk最佳实践流程比对全基因组、单独比对染色体比对深度的差异阅读全文

posted @ 2025-06-23 09:57 小鲨鱼2018 阅读(30) 评论(0) 推荐(0)

vcftools 计算每一个位点的平均的测序深度

摘要：001、 vcftools --gzvcf 50_male_auto_mt_y.gz --site-mean-depth --out output_prefix 阅读全文

posted @ 2025-06-23 09:52 小鲨鱼2018 阅读(38) 评论(0) 推荐(0)

vcftools计算个体SNP平均测序深度

摘要：001、 vcftools --gzvcf 50_male_auto_mt_y.gz --depth --out depth_stats 阅读全文

posted @ 2025-06-22 22:11 小鲨鱼2018 阅读(18) 评论(0) 推荐(0)

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