随笔分类 - 生信
摘要：EIGENSOFT v4.2 软件计算PCA 001、格式转换 step1 plink --file outcome --make-bed --out outcome 002、准备配置文件：outcome.ind (base) [b20223040323@admin2 test3]$ head ou
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摘要：centos7 中编译安装 MSMC2软件 001、下载安装包： https://github.com/stschiff/msmc2/archive/refs/tags/v2.1.4.tar.gz 002、解压安装 tar -xzvf v2.1.4.tar.gz cd msmc2-2.1.4/ 00
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摘要：001、 conda install msmc2 -c bioconda 。
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摘要：R语言、python实现fst值滑窗和步长的计算。 001、R语言版本 dir() # 读取数据（按实际文件路径修改） fst_data <- read.table("GMM_SUM.fst", header = T) head(fst_data) colnames(fst_data) <- c("
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摘要：001、安装 conda install xpclr -c bioconda 002、测试
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摘要：001、个体ID为一列 bcftools query -l Baluchi.vcf 002、个体ID为一行 bcftools query -l Baluchi.vcf | paste -sd' ' - 。
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摘要：001、安装命令 pip install git+https://github.com/popgenmethods/smcpp 002、安装效果 which smc++ 。 003、 smc++ --help 。
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摘要：001、问题： 002、解决方法： pip install Cython
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摘要：001、 ensemble geneID如何转换为gene symbol 002、 https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/15064848.html
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摘要：001、vcf文件中拆分出不同群体安装滑动窗口方法计算杂合度，窗口数目不一致原因： a、拆分群体后，特定滑窗内基因型全部缺失 b、拆分群体后，特定滑窗内基因型没有多态性。 。
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摘要：001、 vcftools --vcf pop_struc.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_only 002、 indel 和 复等位基因是两种不同的变异类型。
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摘要：001、 plink --file outcome --biallelic-only strict --recode tab --out xxx
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摘要：001、测试数据 (base) [root@PC1 test]# ls chr_1.bed chr_1.bim chr_1.fam chr_2.bed chr_2.bim chr_2.fam chr_3.bed chr_3.bim chr_3.fam merge_list.txt (base) [r
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摘要：001、 [root@PC1 test]# ls chr_1.vcf [root@PC1 test]# bgzip chr_1.vcf ## 压缩 [root@PC1 test]# ls chr_1.vcf.gz [root@PC1 test]# tabix -p vcf chr_1.vcf.gz
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摘要：001、报错如下： Failed to open chr_1.vcf.gz: not compressed with bgzip 002、这个错误通常出现在 CentOS / RedHat 系统中，表示系统无法找到 htslib 软件包。htslib 是 bcftools 和 samtools 运行
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摘要：bactools合并plink格式不同染色体的数据 001、测试数据 [root@PC1 test]# ls chr_10.vcf.gz chr_2.vcf.gz chr_4.vcf.gz chr_6.vcf.gz chr_8.vcf.gz chr_10.vcf.gz.tbi chr_2.vcf.g
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摘要：001、问题： libgdk-x11-2.0.so.0()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64 002、解决方法： dnf install gtk2 003、验证效果 [root@PC1 mega]# rpm -ivh mega-11.0.13-1.x
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摘要：001、问题： libgconf-2.so.4()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64 002、解决方法： yum install GConf2 003、测试效果 。
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摘要：001、问题 libXss.so.1()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64 002、解决方法： yum install libXScrnSaver 003、验证： 刚才的报错消失。
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摘要：001、官方网站：https://www.megasoftware.net/ 002、下载Linux安装包 （centos系统） 003、点接受 004、点 download 005、 安装 rpm -ivh mega-11.0.13-1.x86_64.rpm 。
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浙公网安备 33010602011771号