随笔分类 - 生信
摘要：001、 centos7 中安装 trimal conda install trimal=1.4.1-0 -c bioconda 。
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摘要：001、提取文件准备： 第一列为染色体名称，第二列为物理位置： 002、提取命令 vcftools --vcf renamed2.vcf --positions contig_pos_ref.txt --recode --out extracted
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摘要：001、 bcftools实现 bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS' -o renamed.vcf -O v input.vcf 002、 使用awk命令安装 snp数字递增的形式重命名 #!/usr/bin/env bash awk 'BEGIN{O
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摘要：001、 a、准备重命名文件 第一列原始染色体名称，第二列计划修改的染色体名称: b、 bcftools annotate --rename-chrs chr_rename.txt -o renamed.vcf -O v input.vcf .
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摘要：001、过滤掉ALT字段中包含*的变异位点 bcftools view -e 'ALT~"\*"' input.vcf -o filtered.vcf -O v
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摘要：001、 plink --file outcome --mac 4 --recode tab --out xxx
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摘要：001、 (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls ## 测试数据 outcome.map outcome.ped (base) [b20223040323@admin2 test5]$ cat outcome.ped DOR 1 0 0 0 -9 G G C C
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摘要：001、bcftools软件实现对vcf格式文件进行个体ID的重命名(vcf 文件可以是压缩格式） bcftools reheader -s rename.txt -o NC_082741_y_male_step4.vcf NC_082741_y_male_step3.vcf rename.txt格
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摘要：使用PAUP软件基于最大简约发构建系统进化树 001、将vcf格式转换为fasta格式： (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.vcf (base) [b20223040323@admin2 test5]$ vcf2phylip.py --in
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摘要：01、三个程序 001、vcftools vcftools --gzvcf snp.filtered.vcf.gz --keep id.list --recode --out vcftools_result 002、plink plink --vcf snp.filtered.vcf.gz --al
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摘要：001、 seqmagick convert outcome.min4.fasta output.nex --alphabet dna
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摘要：001、 002、 a、进入安装目录 b、pip install .
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摘要：001、方法1 vcf2phylip.py --input outcome.vcf --fasta (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.min4.fasta outcome.min4.phy outcome.vcf 002、方法2
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摘要：001、conda报错如下： error libmamba response code: -1 error message: Permission deniedcritical libmamba failed to execute pre/post link script for spades 00
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摘要：001、bedtools samtools sort -n -o xxx.qsort.bam xxx.bam ## 首选对bam文件进行排序 bedtools bamtofastq -i xxx.qsort.bam -fq xxx.end1.fq -fq2 xxx.end2.fq ## 将bam文件
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摘要：001、 samtools coverage -r NC_001941.1 sample_name_NC_001941.1.bam
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摘要：001、输入数据格式 转换为tplink格式： plink --file outcome --recode transpose --double-id --out input 002、 (base) [b20223040323@admin2 test]$ ls input.tfam input.tp
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摘要：001、 plink --file outcome --recode transpose --double-id --out input
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摘要：001、bwa + samtools软件比对在4、16、30线程机时费用测试对比 依次修改线程数为4、16、30： bwa mem -t 4 -M -R "@RG\tID:sample_name\tPL:illumina\tSM:sample_name" /PATH/GCF_016772045.2_
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摘要：分别是用1、2、4、8、16、30线程数目进行测试 001、测试程序 java -jar /public/home/b20223040323/software/trimmomatic/trimmomatic-0.39.jar PE -threads 4 127M_1.fq.gz 127M_2.fq.
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