随笔分类 - 生信
摘要：gffread为生物序列处理工具，主要使用c++语言编写。01、下载安装包下载地址：https://github.com/gpertea/gffread 02、解压、调用测试 [root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz [ro
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摘要：chrom_map["23"] = "NC_056076.1" chrom_map["24"] = "NC_056077.1" chrom_map["25"] = "NC_056078.1" chrom_map["26"] = "NC_056079.1" chrom_map["X"] = "NC_0
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摘要：001、下载镜像源 a、地址 清华镜像源：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ b、下载最新版本， 注意两点：1、最新的，可以参考后边的发布日期； 2、选择linux版本，架构选x86_64的 002、确认一下系统 [root@
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摘要：001、问题 Error: --recode does not support multipass recoding of very large files. (base) [root@pc1 test01]# plink --bfile f1 --sheep --recode tab --out
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摘要：001、生成fst值得z分数 即：（观测值-平均值）/标准差 dat <- read.table("fst.fst", header = T) head(dat, 3) dat$z_score <- (dat$FST - mean(dat$FST))/sd(dat$FST) ## 在原来数据上新增一
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摘要：001、问题 (base) [root@pc1 src]# treemix treemix: error while loading shared libraries: libgsl.so.27: cannot open shared object file: No such file or dir
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摘要：001、 gffread x_variable_combine.gff -g goat_pangenome.fa -y x_variable_protein.fa ## 提取命令 。
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摘要：001、问题， make编译报错如下： utilseq.h:92:30: error: ‘Iefp’ is not a class or namespace 002、感觉像是c++版本低造成的 测试一下，将gcc编译器有4.8 升级到 11， 问题解决。 升级方法：https://www.cnblo
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摘要：001、 Project、sample、SRA、RUN、experiment accession 啥关系
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摘要：001、报错如下： configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https 002、解决方法 [root@localhost R-4.3.2]# yum install l
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摘要：001、问题 configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support 002、解决方法 [root@localhost R-4.
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摘要：使用conda安装 001、创建单独的环境名称 (base) [root@pc1 test01]# conda create -n eggnog 002、查看环境 (base) [root@pc1 test01]# conda env list # conda environments: # bas
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摘要：001、 conda安装 conda install -c bioconda diamond 002、
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摘要：001、确认是否已经安装 (base) [root@pc1 ~]# python Python 3.11.4 (main, Jul 5 2023, 14:15:25) [GCC 11.2.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "lice
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摘要：001、问题 Cannot connect to AnnotationHub server, using 'localHub=TRUE' instead Using 'localHub=TRUE' library(AnnotationHub) library(biomaRt) library(clu
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摘要：001、报错如下： 错误: package or namespace load failed for ‘dbplyr’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 002、 重新安装
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摘要：001、 002、 003、此时画板大小处于可调整大小的状态 。
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摘要：001、问题 安装软件 make过程中出现如下错误： /usr/bin/ld: cannot find -lgsl/usr/bin/ld: cannot find -lopenblas 002、问题分析 出现类似的这种报错，一般是找不到对应的库文件，比如上面的提示对应如下的两个库文件： libgsl
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摘要：001、ncbi官网 002、 选择genome；输出物种名，然后点击search搜索 003、 选择要下载的参考基因组 004、 依次点击1和2 005、进入下载页面 。
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摘要：001、显示所有的节点信息 (base) [b20223040323@admin1 x_batch2_116]$ scontrol show node | head ## 显示所有的节点信息，并显示前10行 002、显示指定的节点信息 (base) [b20223040323@admin1 x_ba
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