生信 - 随笔分类(第8页) - 小鲨鱼2018

rocky8中安装aspera软件

摘要：001、系统 [liujiaxin01@PC1 ~]$ cat /etc/redhat-release Rocky Linux release 8.10 (Green Obsidian) 002、下载安装包（下载的4.2.12版本） [liujiaxin01@PC1 aspera]$ wget -c 阅读全文

posted @ 2024-08-21 12:10 小鲨鱼2018 阅读(76) 评论(0) 推荐(0)

centos7中aspera软件的安装

摘要：001、查看系统 [liujiaxin01@PC1 aspera]$ cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、下载安装包 [liujiaxin01@PC1 aspera]$ ls [liujiaxin01@PC 阅读全文

posted @ 2024-08-21 11:52 小鲨鱼2018 阅读(89) 评论(0) 推荐(0)

/home/liujiaxin01/.aspera/connect/bin/asperaconnect-nmh: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by /home/liujiaxin01/.aspera/connect/bin/asperaconnect-nmh)

摘要：001、问题 /home/liujiaxin01/.aspera/connect/bin/asperaconnect-nmh: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by /home/liujiaxin 阅读全文

posted @ 2024-08-09 19:50 小鲨鱼2018 阅读(29) 评论(0) 推荐(0)

centos7中aspera软件的安装以及数据的下载

摘要：001、软件的安装 a、官网：https://www.ibm.com/products/aspera/downloads b、 c、 d、下载并解压 [root@PC1 software]# ls ibm-aspera-connect_4.2.12.780_linux_x86_64.tar.gz [ 阅读全文

posted @ 2024-08-09 19:23 小鲨鱼2018 阅读(311) 评论(0) 推荐(0)

EBI-ENA数据库

摘要：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 002、测试下载 ascp -vQT -l 500m -P33001 -k 1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.eb 阅读全文

posted @ 2024-07-01 23:55 小鲨鱼2018 阅读(132) 评论(0) 推荐(0)

samtools各种flag的含义

摘要：https://blog.csdn.net/crewkickse/article/details/131513734 4：代表这个序列没有mapping到参考序列上 8：代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上 64 ：代表这个序阅读全文

posted @ 2024-06-25 00:32 小鲨鱼2018 阅读(95) 评论(0) 推荐(0)

比对文件sam文件的解读

摘要：比对文件sam文件的解读阅读全文

posted @ 2024-06-25 00:14 小鲨鱼2018 阅读(34) 评论(0) 推荐(0)

smtools软件提取比对到和未比对到参考基因组上的bam数据

摘要：001、 #提取比对到参考基因组上的数据 samtools view -b -F 4 lane.sam > lane.bam #提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools view -b -f 4 lane.sam > lane.bam 提取双端序列都比对到参考序列（4+8）的结果： sam 阅读全文

posted @ 2024-06-25 00:13 小鲨鱼2018 阅读(307) 评论(0) 推荐(0)

ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting. Session Stop (Error: Failed to open TCP connection for SSH)

摘要：01、 [liujiaxin01@PC1 test2]$ ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -T -P33001 fasp-g1k@fasp.1000genomes.ebi.ac.uk:vol1/ftp/re 阅读全文

posted @ 2024-06-23 10:50 小鲨鱼2018 阅读(953) 评论(0) 推荐(0)

aspera下载nr数据库

摘要：ascp -QT -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 1000M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/nr.00.tar.gz ./ 002 ascp -QT -i ~/. 阅读全文

posted @ 2024-06-23 10:22 小鲨鱼2018 阅读(334) 评论(0) 推荐(0)

--split-files、--split-3

摘要：001、 --split-files：所有情况 --split-3：双端 –split-spot: 将双端测序分为两份，存放在同一个文件中–split-files: 将双端测序分为两份，存放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃–split-3 : 将双端测序分为两份，存放在不同阅读全文

posted @ 2024-06-23 09:58 小鲨鱼2018 阅读(96) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中根据SRA号获取下载链接

摘要：001、使用srapath命令 [root@PC1 test2]# srapath SRR1482463 https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR1482463/SRR1482463 [root@PC1 test2]# srapath SRR1 阅读全文

posted @ 2024-06-23 01:41 小鲨鱼2018 阅读(45) 评论(0) 推荐(0)

fastq数据的ncbi上传

摘要：000、上传前注册了ORCID账号 001、打开NCBI官网，然后点击submit 002、点击SRA 003、 004、 005、 006、 007、 008、 009、 010、 011、注：*organism列批量多个样品时，可加-1、-2……进行区分，否则上传时提示失败。示例信息如下阅读全文

posted @ 2024-06-12 10:03 小鲨鱼2018 阅读(153) 评论(0) 推荐(0)

曼哈顿图 CMplot 包的使用

摘要：001、安装加载包 install.packages("CMplot") library("CMplot") 002、查看测试数据 data(pig60K) head(pig60K) 003、使用示例数据绘制snp密度图 CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e 阅读全文

posted @ 2024-05-13 09:59 小鲨鱼2018 阅读(1449) 评论(0) 推荐(0)

软件安装过程中autogen.sh文件的作用

摘要：001、软件安装过程中autogen.sh文件的作用 (base) [root@pc1 vcftools-0.1.16]# ls ## 原始解压后的文件，有autogen.sh autogen.sh configure.ac LICENSE README.md vcftools-0.1.16.ta 阅读全文

posted @ 2024-05-13 09:22 小鲨鱼2018 阅读(214) 评论(0) 推荐(0)

选择信号分析 XPEHH 检测

摘要：选择信号分析 XPEHH 检测 001、对要检测的vcf文件进行phasing [root@pc1 XP-EHH]# ls ## 原始文件 clean.vcf [root@pc1 XP-EHH]# java -jar /home/software/beagle/beagle.01Mar24.d36. 阅读全文

posted @ 2024-05-12 23:01 小鲨鱼2018 阅读(562) 评论(0) 推荐(0)

vcf文件中如何确定文件是否已经phasing(定相)

摘要：001、未定相 [root@PC1 test2]# ls test1.vcf test2.vcf [root@PC1 test2]# grep -v "^#" test1.vcf | head | cut -f 1-16 ## 为定相是斜杠 1 55910 s64199.1 G . . . PR G 阅读全文

posted @ 2024-05-12 21:52 小鲨鱼2018 阅读(75) 评论(0) 推荐(0)

phasing 是什么？ phasing的原理是什么？

摘要：phasing 是什么？ phasing就是将二倍体生物的等位基因归类到不同的染色体上。比如一个个体一个位点的基因型是A-G；另一个位点的基因型是T-C; 那么第一个位点和第二个位点中哪两个等位基因是来自一条染色体？哪两个是来自另一条染色体？、一种情况如下：第一个位点的A和第二个位点的T来自阅读全文

posted @ 2024-05-12 17:46 小鲨鱼2018 阅读(172) 评论(0) 推荐(0)

beagle软件的安装以及基因型填充

摘要：001、beagle软件官网：https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html 002、下载最新版本： 003、赋予执行权限，并测试 [root@pc1 beagle]# ls beagle.01Mar24.d36.jar [roo 阅读全文

posted @ 2024-05-12 17:16 小鲨鱼2018 阅读(3157) 评论(0) 推荐(0)

cannot execute binary file

摘要：001、问题，调用一个二进制文件，出现如下的报错 [root@PC1 gffread-0.12.7.OSX_x86_64]# ls gffread [root@PC1 gffread-0.12.7.OSX_x86_64]# ./gffread -bash: ./gffread: cannot exe 阅读全文

posted @ 2024-05-07 23:30 小鲨鱼2018 阅读(3577) 评论(0) 推荐(0)

小鲨鱼2018

随笔分类 - 生信

公告