生信 - 随笔分类(第7页) - 小鲨鱼2018

Exception in thread "Thread-0" java.lang.RuntimeException: Sequence and quality length don't match:

摘要：001、问题 Exception in thread "Thread-0" java.lang.RuntimeException: Sequence and quality length don't match: 002、出现这个问题的原因是原始fastq文件损坏，需要重新下载a、通过解压原始gz 阅读全文

posted @ 2024-12-08 18:06 小鲨鱼2018 阅读(65) 评论(0) 推荐(0)

make clean和make clobber区别

摘要：1、 make clean和make clobber区别。 https://blog.csdn.net/qq_32014215/article/details/106155403；阅读全文

posted @ 2024-12-07 17:04 小鲨鱼2018 阅读(44) 评论(0) 推荐(0)

centos7中安装boost，gsl 和 treemix

摘要：001、安装boost依赖环境 boost 是一个跨平台的 c++ 库集合，它提供了许多功能和工具，用于在 linux 上开发高性能的应用程序。 yum -y install bzip2 bzip2-devel bzip2-libs python-devel 002、下载最新安装包 https:// 阅读全文

posted @ 2024-12-04 10:31 小鲨鱼2018 阅读(251) 评论(0) 推荐(0)

treemix: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No such file or direct

摘要：treemix: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No such file or direct 阅读全文

posted @ 2024-12-02 16:35 小鲨鱼2018 阅读(113) 评论(0) 推荐(0)

configure: error: could not find GSL BLAS

摘要：001、问题 configure: error: could not find GSL BLAS ## 配置软件报错如下 002、解决方法 wget -c http://ftp.club.cc.cmu.edu/pub/gnu/gsl/gsl-latest.tar.gz tar -xzvf gsl- 阅读全文

posted @ 2024-12-02 16:21 小鲨鱼2018 阅读(99) 评论(0) 推荐(0)

序列处理工具Seqkit的安装以及使用

摘要：序列处理工具Seqkit的安装以及使用阅读全文

posted @ 2024-12-01 00:56 小鲨鱼2018 阅读(229) 评论(0) 推荐(0)

Linux中实现根据scaffold名称从fasta文件中提取数据（scaffold名称长）

摘要：001、 (base) [sy20213040737@admin2 test]$ ls chr.list test.fa (base) [sy20213040737@admin2 test]$ cat test.fa ## 测试fasta文件 >chr1 xxxx aaaabbb cccccddd 阅读全文

posted @ 2024-12-01 00:25 小鲨鱼2018 阅读(32) 评论(0) 推荐(0)

r/../../../libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29' not found

摘要：001、问题 r/../../../libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29' not found ； 002、libstdc++.so.6 是什么？是一个动态库文件。 003、在什么位置？位置：/usr/lib64/libstdc++.so.6 003、G 阅读全文

posted @ 2024-11-21 21:53 小鲨鱼2018 阅读(142) 评论(0) 推荐(0)

二代测序中的library是什么意思？

摘要：二代测序中的library是什么意思？阅读全文

posted @ 2024-11-09 18:47 小鲨鱼2018 阅读(30) 评论(0) 推荐(0)

Hifi和ONT； Hi-c， nanopore有什么区别

摘要：Hifi和ONT 有什么区别阅读全文

posted @ 2024-11-07 00:56 小鲨鱼2018 阅读(151) 评论(0) 推荐(0)

基因组组装技术的发展

摘要：001、基因组组装技术的发展。阅读全文

posted @ 2024-11-04 23:53 小鲨鱼2018 阅读(21) 评论(0) 推荐(0)

单一参考基因组的局限性

摘要：001、。阅读全文

posted @ 2024-11-04 23:51 小鲨鱼2018 阅读(23) 评论(0) 推荐(0)

基因组组装质量的判断

摘要：001、基因组组装质量的判断。阅读全文

posted @ 2024-11-04 23:32 小鲨鱼2018 阅读(30) 评论(0) 推荐(0)

不同物种参考基因组比对

摘要：001、绵羊和山羊的的测序数据比对到绵羊参考基因组，并进行SNP calling，在生成g.vcf环节，山羊样本非常慢？基因分型算法的差异导致了这种速度上的差异？？ g.vcf 和最终的vcf有什么差异？？阅读全文

posted @ 2024-10-31 09:58 小鲨鱼2018 阅读(47) 评论(0) 推荐(0)

利用重测序数据如何对样本的性别进行推断

摘要：利用重测序数据如何对样本的性别进行推断。 ref: Archaeogenetic analysis of Neolithic sheep from Anatolia suggests a complex demographic history since domestication 阅读全文

posted @ 2024-10-29 15:11 小鲨鱼2018 阅读(28) 评论(0) 推荐(0)

Aspera 下载fastq数据过程

摘要：001、去EBI找数据，以SRA号SRR1342456为例：官网：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home a、 b、 c、 d、 002、开始下载 [b20223040323@admin2 x_ljx_test]$ ls [b20223040323@admin 阅读全文

posted @ 2024-10-27 22:01 小鲨鱼2018 阅读(187) 评论(0) 推荐(0)

利用samtools flagstat 对bam文件统计时使用的是哪个bam

摘要：标记重复前还是标记重复后的？ 001、两者是没有明细差异的：。阅读全文

posted @ 2024-10-26 18:14 小鲨鱼2018 阅读(22) 评论(0) 推荐(0)

利用samtools flagstat 对bam文件统计比对率的时候看的是哪个mapping rate

摘要：001、在samtools flagstat 对bam的统计结果中，一共有三个比对率的结果： 002、比对率结果应该以哪个为准？答案是：以3为准 003、以山羊、绵羊的fastq数据，绵羊的参考基因组进行比对测试 a、如果以primary mapped对比，基本看不出两者的差异（其中S是shee 阅读全文

posted @ 2024-10-26 18:13 小鲨鱼2018 阅读(378) 评论(0) 推荐(0)

samtools flagstat参数对比对的bam文件进行统计解读

摘要：001、命令 samtools flagstat sample_name.sorted.bam > sample_name.flagstat.txt ## 基本命令 a、生成的文件是一个包含16行的文本文件： 002、 (base) [b20223040323@admin2 workdir]$ ca 阅读全文

posted @ 2024-10-26 17:17 小鲨鱼2018 阅读(531) 评论(0) 推荐(1)

R语言中gene symbol 转换为ENTREZID, clusterprofile富集分析

摘要：001、 genes <- read.table("genes.txt") ## 读取基因symbol head(genes) tail(genes) genes <- genes[genes != "NA_NA" & genes != "unknow",, drop = FALSE] ## 去除无阅读全文

posted @ 2024-10-04 11:51 小鲨鱼2018 阅读(369) 评论(0) 推荐(0)

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