摘要：
001、过滤掉ALT字段中包含*的变异位点 bcftools view -e 'ALT~"\*"' input.vcf -o filtered.vcf -O v 阅读全文
posted @ 2025-06-07 09:06
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摘要：
001、format格式化字符串 a、 >>> "{} {}={}".format("aa", "bb", "cc") ## 默认是位置参数，格式化字符串位于{}中 'aa bb=cc' b、指定位置参数格式话 >>> "{2} {0}={1}".format("aa", "bb", "cc") # 阅读全文
posted @ 2025-06-01 23:52
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001、 plink --file outcome --mac 4 --recode tab --out xxx 阅读全文
posted @ 2025-05-31 18:04
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摘要：
001、 (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls ## 测试数据 outcome.map outcome.ped (base) [b20223040323@admin2 test5]$ cat outcome.ped DOR 1 0 0 0 -9 G G C C 阅读全文
posted @ 2025-05-31 17:31
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摘要：
001、bcftools软件实现对vcf格式文件进行个体ID的重命名(vcf 文件可以是压缩格式） bcftools reheader -s rename.txt -o NC_082741_y_male_step4.vcf NC_082741_y_male_step3.vcf rename.txt格 阅读全文
posted @ 2025-05-31 16:31
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摘要：
使用PAUP软件基于最大简约发构建系统进化树 001、将vcf格式转换为fasta格式： (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.vcf (base) [b20223040323@admin2 test5]$ vcf2phylip.py --in 阅读全文
posted @ 2025-05-30 23:15
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01、三个程序 001、vcftools vcftools --gzvcf snp.filtered.vcf.gz --keep id.list --recode --out vcftools_result 002、plink plink --vcf snp.filtered.vcf.gz --al 阅读全文
posted @ 2025-05-30 16:34
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001、 seqmagick convert outcome.min4.fasta output.nex --alphabet dna 阅读全文
posted @ 2025-05-30 16:22
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001、 002、 a、进入安装目录 b、pip install . 阅读全文
posted @ 2025-05-30 16:03
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001、方法1 vcf2phylip.py --input outcome.vcf --fasta (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.min4.fasta outcome.min4.phy outcome.vcf 002、方法2 阅读全文
posted @ 2025-05-30 15:54
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