摘要：
001、bcftools软件实现对vcf格式文件进行个体ID的重命名(vcf 文件可以是压缩格式） bcftools reheader -s rename.txt -o NC_082741_y_male_step4.vcf NC_082741_y_male_step3.vcf rename.txt格 阅读全文
posted @ 2025-05-31 16:31
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摘要：
使用PAUP软件基于最大简约发构建系统进化树 001、将vcf格式转换为fasta格式： (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.vcf (base) [b20223040323@admin2 test5]$ vcf2phylip.py --in 阅读全文
posted @ 2025-05-30 23:15
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01、三个程序 001、vcftools vcftools --gzvcf snp.filtered.vcf.gz --keep id.list --recode --out vcftools_result 002、plink plink --vcf snp.filtered.vcf.gz --al 阅读全文
posted @ 2025-05-30 16:34
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摘要：
001、 seqmagick convert outcome.min4.fasta output.nex --alphabet dna 阅读全文
posted @ 2025-05-30 16:22
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001、 002、 a、进入安装目录 b、pip install . 阅读全文
posted @ 2025-05-30 16:03
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001、方法1 vcf2phylip.py --input outcome.vcf --fasta (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.min4.fasta outcome.min4.phy outcome.vcf 002、方法2 阅读全文
posted @ 2025-05-30 15:54
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001、 >>> os.listdir() ## 当前路径下的文件 ['a.txt'] >>> input_file = open("a.txt") ## 打开文件 >>> for i in input_file: ... i = i.strip() ... print(i) ... 01 02 0 阅读全文
posted @ 2025-05-19 22:43
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001、默认查找所有文件类型 (base) [root@PC1 test]# ls a.txt dir_layer1 (base) [root@PC1 test]# tree ## 测试数据结构 . ├── a.txt └── dir_layer1 ├── a.txt └── dir_layer2 阅读全文
posted @ 2025-05-19 08:46
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001、 [root@PC1 test]# ls test [root@PC1 test]# tree -h . └── [ 32] test ├── [ 86M] a.txt └── [ 43] dir01 ├── [ 7.6M] a.txt ├── [ 7.6M] b.txt └── [ 19] 阅读全文
posted @ 2025-05-15 09:24
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摘要：
001、conda报错如下： error libmamba response code: -1 error message: Permission deniedcritical libmamba failed to execute pre/post link script for spades 00 阅读全文
posted @ 2025-05-13 21:13
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