小鲨鱼2018

2025年7月16日

摘要： python中对二维列表进行转置 001、实现方法1：使用zip*解包和list函数 >>> list1 = [["aa", "bb", "cc"], [100, 300, 500], ["kk", "xx", "yy"], [88, 22, 33]] ## 测试列表 >>> list1 [['aa 阅读全文

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python中map函数的用法

摘要： python中map函数的用法 001、批量转换数据类型 >>> str1 ## 测试字符串 '123456789' >>> for i in str1[5:]: ... print(i, type(i)) ... 6 <class 'str'> ## 迭代输出为字符型 7 <class 'str' 阅读全文

posted @ 2025-07-16 08:49 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)

python中对列表进行排序，限定数值型

摘要： 001、 python中对列表进行排序，限定数值型： >>> list1 = [2,1,5,10,3,7] ## 测试列表1，数值型，可以直接排序 >>> sorted(list1) [1, 2, 3, 5, 7, 10] >>> list1 = ["2","1","5","10","3","7"] 阅读全文

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2025年7月15日

python 中的列表推导式

摘要： python 中的列表推导式 001、 >>> list1 = [[2,1,5],[3,2,8],[5,2,4],[8,2,1]] ## 测试列表 >>> for col in range(len(list1[0])): ... col_value = [ row[col] for row in l 阅读全文

posted @ 2025-07-15 22:23 小鲨鱼2018 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中变量字符串的截取

摘要： Linux 中变量字符串的截取两类截取方式： #表示从左侧截取； %表示从右侧截取；同时对应两种贪婪匹配模式： ##表示左侧贪婪匹配； %%表示右侧贪婪匹配；同时对应两种方向： *.表示从左侧匹配； .*表示从右侧匹配； 001、实例1，左侧匹配截取 [root@PC1 test]# ls [ 阅读全文

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2025年7月14日

python 中 if语句条件判断退出，并输出错误信息

摘要： python 中 if语句条件判断退出，并输出错误信息 001、 (base) [root@PC1 test]# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/env python # -*- coding:utf-8 -*- import sys list1 = [3, 8, 30 阅读全文

posted @ 2025-07-14 15:21 小鲨鱼2018 阅读(45) 评论(0) 推荐(0)

2025年7月3日

Linux中浮点数和整数值的if比较判断

摘要： 001、 #!/usr/bin/env bash depth=9.8653 if echo "$depth > 10" | bc -l | grep -q 1 then echo "pass" else echo "fail" fi (base) [b20223040323@admin2 test] 阅读全文

posted @ 2025-07-03 09:54 小鲨鱼2018 阅读(20) 评论(0) 推荐(0)

2025年6月27日

fasta转换为phylip格式单样本一行

摘要： 001、 from Bio import AlignIO alignment = AlignIO.read("input.fasta", "fasta") AlignIO.write(alignment, "output.phy", "phylip-sequential") 。阅读全文

posted @ 2025-06-27 19:25 小鲨鱼2018 阅读(19) 评论(0) 推荐(0)

线粒体基因组数据构建 network

摘要： 001、原始fasta格式数据的多序列比对 mafft --auto --thread 4 all_460_trim02.fasta > aligned_sequences.fasta 002、fasta格式数据转换为phy格式 DNAsp软件实现： 003、network软件计算： 004、 00 阅读全文

posted @ 2025-06-27 16:56 小鲨鱼2018 阅读(15) 评论(0) 推荐(0)

2025年6月26日

seqmagick 软件将fasta格式转换为phylip格式

摘要： 001、 seqmagick convert aligned_sequences.fasta output.phy 002、 seqmagick convert --output-format phylip --phylip-sequential aligned_sequences.fasta ou 阅读全文

posted @ 2025-06-26 22:42 小鲨鱼2018 阅读(39) 评论(0) 推荐(0)

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