摘要: 001、提取文件准备: 第一列为染色体名称,第二列为物理位置: 002、提取命令 vcftools --vcf renamed2.vcf --positions contig_pos_ref.txt --recode --out extracted 阅读全文
posted @ 2025-06-07 11:22 小鲨鱼2018 阅读(66) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 bcftools实现 bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS' -o renamed.vcf -O v input.vcf 002、 使用awk命令安装 snp数字递增的形式重命名 #!/usr/bin/env bash awk 'BEGIN{O 阅读全文
posted @ 2025-06-07 10:49 小鲨鱼2018 阅读(58) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 a、准备重命名文件 第一列原始染色体名称,第二列计划修改的染色体名称: b、 bcftools annotate --rename-chrs chr_rename.txt -o renamed.vcf -O v input.vcf . 阅读全文
posted @ 2025-06-07 10:05 小鲨鱼2018 阅读(75) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、过滤掉ALT字段中包含*的变异位点 bcftools view -e 'ALT~"\*"' input.vcf -o filtered.vcf -O v 阅读全文
posted @ 2025-06-07 09:06 小鲨鱼2018 阅读(6) 评论(0) 推荐(0)