小鲨鱼2018

摘要： 001、 conda install -c bioconda seqmagick 002、 seqmagick 。 阅读全文

摘要： 001、删除数据 vcftools --recode-INFO-all --vcf geno_snp_rm_het.recode.vcf --exclude female_sites.list --recode --out rm_female_sites 002、提取数据 vcftools --re 阅读全文

摘要： 001、 bwa + gatk最佳实践流程比对全基因组、单独比对染色体比对深度的差异 阅读全文

摘要： 001、 vcftools --gzvcf 50_male_auto_mt_y.gz --site-mean-depth --out output_prefix 阅读全文

摘要： 001、 vcftools --gzvcf 50_male_auto_mt_y.gz --depth --out depth_stats 阅读全文

摘要： 001、 centos7 中安装 trimal conda install trimal=1.4.1-0 -c bioconda 。 阅读全文

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls hy_.txt [root@PC1 test]# cat hy_.txt ## 测试数据 Y-HA NOS453 BAJ16 SSS39 CJL300 Y-HB1 OB-060 SSS41 MG366 Y-HB2 Jaf09 NEL34RAM Y-H 阅读全文

摘要： 001、提取文件准备： 第一列为染色体名称，第二列为物理位置： 002、提取命令 vcftools --vcf renamed2.vcf --positions contig_pos_ref.txt --recode --out extracted 阅读全文

摘要： 001、 bcftools实现 bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS' -o renamed.vcf -O v input.vcf 002、 使用awk命令安装 snp数字递增的形式重命名 #!/usr/bin/env bash awk 'BEGIN{O 阅读全文

摘要： 001、 a、准备重命名文件 第一列原始染色体名称，第二列计划修改的染色体名称: b、 bcftools annotate --rename-chrs chr_rename.txt -o renamed.vcf -O v input.vcf . 阅读全文