摘要：
使用PAUP软件基于最大简约发构建系统进化树 001、将vcf格式转换为fasta格式： (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.vcf (base) [b20223040323@admin2 test5]$ vcf2phylip.py --in 阅读全文
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01、三个程序 001、vcftools vcftools --gzvcf snp.filtered.vcf.gz --keep id.list --recode --out vcftools_result 002、plink plink --vcf snp.filtered.vcf.gz --al 阅读全文
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001、 seqmagick convert outcome.min4.fasta output.nex --alphabet dna 阅读全文
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001、 002、 a、进入安装目录 b、pip install . 阅读全文
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001、方法1 vcf2phylip.py --input outcome.vcf --fasta (base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls outcome.min4.fasta outcome.min4.phy outcome.vcf 002、方法2 阅读全文
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