小鲨鱼2018

2025年3月31日

libgconf-2.so.4()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64

摘要： 001、问题： libgconf-2.so.4()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64 002、解决方法： yum install GConf2 003、测试效果。阅读全文

posted @ 2025-03-31 12:00 小鲨鱼2018 阅读(55) 评论(0) 推荐(0)

libXss.so.1()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64

摘要： 001、问题 libXss.so.1()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64 002、解决方法： yum install libXScrnSaver 003、验证：刚才的报错消失。阅读全文

posted @ 2025-03-31 11:57 小鲨鱼2018 阅读(63) 评论(0) 推荐(0)

Linux 系统中mega软件的安装

摘要： 001、官方网站：https://www.megasoftware.net/ 002、下载Linux安装包（centos系统） 003、点接受 004、点 download 005、安装 rpm -ivh mega-11.0.13-1.x86_64.rpm 。阅读全文

posted @ 2025-03-31 11:47 小鲨鱼2018 阅读(181) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --genome 选项

摘要： 001、 plink --file test --genome --out result ## DST表示个体间具有的相同等位基因的数目占基因组等位基因数目的比例。阅读全文

posted @ 2025-03-31 10:31 小鲨鱼2018 阅读(44) 评论(0) 推荐(0)

plink软件中计算距离矩阵

摘要： 001、--distance选项，计算具有不同位点的数目 plink --file test --distance --out result ## 结果文件为每一个个体具有不同的SNP的数目，下三角矩阵形式展示，省略了第一行和最后一列。 002、结果以完整矩阵的形式展示 plink --file 阅读全文

posted @ 2025-03-31 09:47 小鲨鱼2018 阅读(291) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月28日

plink软件基于vcf文件对性别进行推测

摘要： 001、命令 plink --file new --allow-extra-chr --check-sex --out sex_check 002、结果 0表示未知； 1表示雄性； 2表示雌性。阅读全文

posted @ 2025-03-28 17:28 小鲨鱼2018 阅读(55) 评论(0) 推荐(0)

R中ggplot绘图根据数值大小显示圈图例

摘要： 001、 library(ggplot2) data <- data.frame( x = rnorm(100), y = rnorm(100) ) data$group <- sample(c("A", "B", "C"), 100, replace = TRUE) head(data) ggpl 阅读全文

posted @ 2025-03-28 12:06 小鲨鱼2018 阅读(25) 评论(0) 推荐(0)

ggplot2中绘制渐变色的散点图

摘要： 001、 library(ggplot2) data <- data.frame( x = rnorm(100), y = rnorm(100) ) ggplot(data, aes(x = x, y = y, color = y)) + geom_point(size = 3) + scale_c 阅读全文

posted @ 2025-03-28 12:01 小鲨鱼2018 阅读(70) 评论(0) 推荐(0)

R语言中ggplot绘图去除灰色背景并保留外围框线

摘要： 001、R语言中ggplot绘图去除灰色背景并保留外围框线 library(ggplot2) data <- data.frame( x = rnorm(10), y = rnorm(10) ) ggplot(data, aes(x = x, y = y)) + geom_point() + the 阅读全文

posted @ 2025-03-28 11:47 小鲨鱼2018 阅读(133) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月27日

NGS中根据比对覆盖度推测性别

摘要： 001、计算所有位点覆盖度 samtools depth -@ 8 sample.bam > sample.depth ## 利用samtools计算所有比对位点的覆盖度 002、计算性染色体相对覆盖度 awk '{t_sum += $3; if($1 == "chrX") {x_sum += $3 阅读全文

posted @ 2025-03-27 09:51 小鲨鱼2018 阅读(15) 评论(0) 推荐(0)

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