使用PAUP软件基于最大简约发构建系统进化树

 

使用PAUP软件基于最大简约发构建系统进化树

 

001、将vcf格式转换为fasta格式：

(base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls
outcome.vcf
(base) [b20223040323@admin2 test5]$ vcf2phylip.py --input outcome.vcf --fasta

 

002、将fasta格式转换nex格式

(base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls
outcome.min4.fasta  outcome.min4.phy  outcome.vcf
(base) [b20223040323@admin2 test5]$ seqmagick convert outcome.min4.fasta output.nex --alphabet dna
(base) [b20223040323@admin2 test5]$ ls
outcome.min4.fasta  outcome.min4.phy  outcome.vcf  output.nex

 。

 

003、修改nex文件的格式，增加如何内容到文件的末尾

Begin paup;
  set criterion=parsimony;
  hsearch addseq=random nreps=100;
  savetrees file=treefile.tre format=newick brlens;
End;

 。

或者：

Begin paup;
  set criterion=parsimony;
  bootstrap nreps=500;
  hsearch addseq=random nreps=100;
  savetrees file=treefile.tre format=newick brlens;
End;

 

004、paup output.nex 执行运算

 。

 

005、 运算结束

 。