几种依据个体ID从vcf文件中提取数据 速度对比

 

01、三个程序

001、vcftools

 vcftools --gzvcf snp.filtered.vcf.gz --keep id.list --recode --out vcftools_result

 

002、plink

plink --vcf snp.filtered.vcf.gz --allow-extra-chr --chr-set 50 --keep id2.list --recode vcf-iid --out plink_resulta

 

003、bcftools

bcftools view -S id.list snp.filtered.vcf.gz -o bcftools.vcf

 

002、运算时间对比

vcftools.time  Elapsed  time:  55251
plink.time     Elapsed  time:  6755
bcftools.time  Elapsed  time:  15681

 

小结：

plink运算速度最快。