小鲨鱼2018

2025年3月24日

摘要： 001、vcftools计算选择信号滑窗参数 vcftools --vcf PopA_PopB.vcf --weir-fst-pop PopA.txt --weir-fst-pop PopB.txt --fst-window-size 50000 --fst-window-step 20000 -- 阅读全文

posted @ 2025-03-24 21:13 小鲨鱼2018 阅读(127) 评论(0) 推荐(0)

gatk硬过滤官方推荐参数

摘要： 001、官方链接 https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531112--How-to-Filter-variants-either-with-VQSR-or-by-hard-filtering 002、SNP、 gatk V 阅读全文

posted @ 2025-03-24 11:02 小鲨鱼2018 阅读(223) 评论(0) 推荐(0)

SNeP软件计算有效群体大小

摘要： 001、官网： https://sourceforge.net/projects/snepnetrends/ 002、脚本： SNeP1.1 -ped sample_name.ped -map sample_name.map -threads 10 -ld -out ./sample_name ## 阅读全文

posted @ 2025-03-24 09:02 小鲨鱼2018 阅读(153) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月23日

vcftools 中 --minDP 2 参数

摘要： 001、 vcftools --gzvcf raw.filtered.vcf.gz --minDP 2 --recode --recode-INFO-all --out result --minDP 2: 表示根据比对深度过滤，只保留比对深度大于2的位点。冒号分割的第三列是比对深度值： grep 阅读全文

posted @ 2025-03-23 17:32 小鲨鱼2018 阅读(62) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月22日

ai中如何缩小绘图区域

摘要： ai中如何缩小绘图区域。 001、原始图片如下 002、目的：去除边缘多余的空白：选择矩形工具，并框选需要的区域 003、ctrl + a全选 004、右击图像，选择建立剪切蒙版。 005、效果如下：。阅读全文

posted @ 2025-03-22 22:52 小鲨鱼2018 阅读(44) 评论(0) 推荐(0)

ai中如何利用钢笔工具切割图像

摘要： 001、打开ai，绘制出一个测试图形如下： 002、选择钢笔工具，绘制出想要剪切的线 003、选中图形 004、点击上方的窗口，找到路径查找器。 005、点击分割 006、点击取消编组 007、这样就可以拖动分割后的图像了。。阅读全文

posted @ 2025-03-22 17:09 小鲨鱼2018 阅读(255) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月19日

Linux 中求每一行数据的和

摘要： 001、Linux 中求每一行数据的和 [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 [b20223040323@admin 阅读全文

posted @ 2025-03-19 17:08 小鲨鱼2018 阅读(31) 评论(0) 推荐(0)

R语言中绘制火山图

摘要： 001、 # 生成随机数据 set.seed(123) # 设置种子以便结果可重复 genes <- paste("Gene", 1:1000) # 基因名称 logFC <- rnorm(1000, mean = 0, sd = 2) # log2 fold change，均值为0，标准差为2的正阅读全文

posted @ 2025-03-19 12:53 小鲨鱼2018 阅读(73) 评论(0) 推荐(0)

R语言中从向量中删除特定的向量

摘要： 001、方法1 R语言中从向量中删除特定的向量 vec <- c("a", "b", "c", "e", "d") ## 测试向量 remove <- which(vec == "e") ## 获取删除内容的索引值 remove vec[-remove] ## 从原向量中删除 002、方法2 vec 阅读全文

posted @ 2025-03-19 08:59 小鲨鱼2018 阅读(27) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月17日

samtools idxstats 参数选项说明

摘要： 001、samtools idxstats 参数选项说明 [sy20213040737@admin2 zz_test_bam]$ ls ### 测试目录 ERR12389574.sorted.markdup.bam ERR12389574.sorted.markdup.bam.bai step1.s 阅读全文

posted @ 2025-03-17 16:15 小鲨鱼2018 阅读(56) 评论(0) 推荐(0)

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