摘要：
001、 [root@PC1 test]# ls outcome.map test.py [root@PC1 test]# head -n 3 outcome.map ## 原始map文件 1 s64199.1 0 55910 1 OAR19_64675012.1 0 85204 1 OAR19_6 阅读全文
posted @ 2025-04-06 16:50
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001、vcf文件中拆分出不同群体安装滑动窗口方法计算杂合度，窗口数目不一致原因： a、拆分群体后，特定滑窗内基因型全部缺失 b、拆分群体后，特定滑窗内基因型没有多态性。 。 阅读全文
posted @ 2025-04-04 22:19
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001、 vcftools --vcf pop_struc.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_only 002、 indel 和 复等位基因是两种不同的变异类型。 阅读全文
posted @ 2025-04-01 01:05
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001、 plink --file outcome --biallelic-only strict --recode tab --out xxx 阅读全文
posted @ 2025-03-31 22:54
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001、测试数据 (base) [root@PC1 test]# ls chr_1.bed chr_1.bim chr_1.fam chr_2.bed chr_2.bim chr_2.fam chr_3.bed chr_3.bim chr_3.fam merge_list.txt (base) [r 阅读全文
posted @ 2025-03-31 17:52
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001、 [root@PC1 test]# ls chr_1.vcf [root@PC1 test]# bgzip chr_1.vcf ## 压缩 [root@PC1 test]# ls chr_1.vcf.gz [root@PC1 test]# tabix -p vcf chr_1.vcf.gz 阅读全文
posted @ 2025-03-31 16:26
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摘要：
001、报错如下： Failed to open chr_1.vcf.gz: not compressed with bgzip 002、这个错误通常出现在 CentOS / RedHat 系统中，表示系统无法找到 htslib 软件包。htslib 是 bcftools 和 samtools 运行 阅读全文
posted @ 2025-03-31 15:57
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bactools合并plink格式不同染色体的数据 001、测试数据 [root@PC1 test]# ls chr_10.vcf.gz chr_2.vcf.gz chr_4.vcf.gz chr_6.vcf.gz chr_8.vcf.gz chr_10.vcf.gz.tbi chr_2.vcf.g 阅读全文
posted @ 2025-03-31 15:47
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001、问题： libgdk-x11-2.0.so.0()(64bit) is needed by mega-11.0.13-1.x86_64 002、解决方法： dnf install gtk2 003、验证效果 [root@PC1 mega]# rpm -ivh mega-11.0.13-1.x 阅读全文
posted @ 2025-03-31 12:06
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001、问题： No match for argument: GConf2 Error: Unable to find a match: GConf2 002、解决方法： dnf install epel-release -y 阅读全文
posted @ 2025-03-31 12:01
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