Trimmomatic 软件质控线程数目测试

 

分别是用1、2、4、8、16、30线程数目进行测试

 

001、测试程序

java -jar /public/home/b20223040323/software/trimmomatic/trimmomatic-0.39.jar PE -threads 4 127M_1.fq.gz 127M_2.fq.gz -baseout /public/home/b20223040323/test6/4_threads/02_clean/127M_trim.fastq.gz ILLUMINACLIP:/public/home/b20223040323/software/trimmomatic/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10:1 LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50

 

调整线程数目分别为:1、2、4、6、8、16、30

运算时间如下:

 

01、线程为1时,运算时长最长,费用最低。 

02、线程为30时,运算时长最短,费用最高,跟线程为1时相差10倍。

03、线程为8时,运算速度已经没有明显增长。

 

posted @ 2025-05-01 10:02  小鲨鱼2018  阅读(34)  评论(0)    收藏  举报