Trimmomatic 软件质控线程数目测试
分别是用1、2、4、8、16、30线程数目进行测试
001、测试程序
java -jar /public/home/b20223040323/software/trimmomatic/trimmomatic-0.39.jar PE -threads 4 127M_1.fq.gz 127M_2.fq.gz -baseout /public/home/b20223040323/test6/4_threads/02_clean/127M_trim.fastq.gz ILLUMINACLIP:/public/home/b20223040323/software/trimmomatic/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10:1 LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50
调整线程数目分别为:1、2、4、6、8、16、30
运算时间如下:
01、线程为1时,运算时长最长,费用最低。
02、线程为30时,运算时长最短,费用最高,跟线程为1时相差10倍。
03、线程为8时,运算速度已经没有明显增长。
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