双端测序讲bam文件转换为fastq格式

 

001、bedtools

samtools sort -n -o xxx.qsort.bam xxx.bam                                   ## 首选对bam文件进行排序
bedtools bamtofastq -i xxx.qsort.bam -fq xxx.end1.fq  -fq2 xxx.end2.fq      ## 将bam文件转换为fastq格式

 

00、samtools

samtools collate -u -O xxx.bam | samtools fastq -1 xxx_end1.fq -2 xxx_end2.fq -0 /dev/null -s /dev/null -n

 

 

首选对bam文件进行排序！

ref:

01、https://blog.csdn.net/XIAOWANGaxs/article/details/134908994