双端测序讲bam文件转换为fastq格式
001、bedtools
samtools sort -n -o xxx.qsort.bam xxx.bam ## 首选对bam文件进行排序 bedtools bamtofastq -i xxx.qsort.bam -fq xxx.end1.fq -fq2 xxx.end2.fq ## 将bam文件转换为fastq格式
00、samtools
samtools collate -u -O xxx.bam | samtools fastq -1 xxx_end1.fq -2 xxx_end2.fq -0 /dev/null -s /dev/null -n
首选对bam文件进行排序!
ref:
01、https://blog.csdn.net/XIAOWANGaxs/article/details/134908994