bcftools实现对vcf文件中SNP id批量重命名

 

001、 bcftools实现

bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS' -o renamed.vcf -O v input.vcf    

 

 

002、 使用awk命令安装 snp数字递增的形式重命名

#!/usr/bin/env bash

awk 'BEGIN{OFS="\t"; id=1} {
  if($0 ~ /^#/) print $0;
  else {
    if($3 == ".") $3 = "snp" sprintf("%06d", id++);
    print $0;
  }
}' input.vcf > result.vcf

。