bcftools实现对vcf文件中SNP id批量重命名
001、 bcftools实现
bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS' -o renamed.vcf -O v input.vcf
002、 使用awk命令安装 snp数字递增的形式重命名
#!/usr/bin/env bash
awk 'BEGIN{OFS="\t"; id=1} {
if($0 ~ /^#/) print $0;
else {
if($3 == ".") $3 = "snp" sprintf("%06d", id++);
print $0;
}
}' input.vcf > result.vcf
。