橙子牛奶糖

摘要： 一、为什么要校正case和control数量比例不平衡情况 试问作为生信届人员，最怕的是什么，当然是统计结果不靠谱。统计结果不靠谱包括两方面：一个是假阴性，一个是假阳性。假阴性可以理解为白天鹅被误当成丑小鸭了，假阳性可以理解为一大堆青蛙，你不知道哪个才是你的真命天子。假阴性就罢了，最多让你错过发现真 阅读全文

摘要： GWAS研究中，表型分两种。第一种是线性的表型，如果身高、体重、智力等；第二种是二元的表型，比如患病和未患病，即通常所说的case和control。对于表型是线性的样本来说，是不存在case和control比例不平衡的情况的，但是对于表型是二元的样本，比如疾病和对照组（健康人群），case和cont 阅读全文

摘要： 关于这种类型的报错通常的解决方式有两个： 方法一、查找系统哪儿有liblapack.so.3这个文件 如果lib找不到这个文件，请换其他路径。 如果真的找不到这个文件，索性自己安装一个，请见方法二。 方法二、用conda安装 阅读全文

摘要： LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一，其主要作用是可以快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息：比如周围有没有高度连锁的位点，高度连锁的位点是否也显著。 下面是locuszoom的示例图： 下面具体讲讲如何实现Locuszoom的绘制 1、进入Locuszoom的主页 htt 阅读全文

摘要： 一、数据为什么要做质量控制 比起表观学研究，GWAS研究很少有引起偏差的来源，一般来说，一个人的基因型终其一生几乎不会改变的，因此很少存在同时影响表型又影响基因型的变异。但即便这样，我们在做GWAS时也要去除一些可能引起偏差的因素。 这种因素主要有：群体结构、个体间存在血缘关系、技术性操作。 二、怎 阅读全文

摘要： 今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" 阅读全文

摘要： 一、为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象，即该群体的祖先来源多样性，我们知道的，不同群体SNP频率不一样，导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点（不一定是显著信号位点与该表型有关，可能是与群体SNP频率差异有关），因此我们需要在关联分析前对该群体做PCA分析，随后将 阅读全文

摘要： 侄子侄女们在客厅看电视，玩游戏，这样无拘无束的日子让我很是羡慕。当然，这种羡慕也只是一闪而过的想法。 我思考的是他们是真的如我所看到的那样无拘无束吗？如果是真的，那么他们为什么能无拘无束，而成人的世界没法无拘无束。 儿童和成人的世界本质的区别是什么？ 儿童的世界里，他们会扮演过家家，会给洋娃娃洗澡、 阅读全文

摘要： 柳叶刀发表的文献解读：Whole-exome sequencing in the evaluation of fetal structural anomalies: a prospective cohort study 背景介绍 随着超声波在产科护理中的应用，胎儿结构异常的鉴别已成为例行公事。当发现 阅读全文

摘要： 画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”，简约方便。下面具体介绍以下。 一、画曼哈顿图 1、准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults（如果没有zscore可以不用管），如下所示： 2、上代码，如下所示： 如果觉得不够美观，考虑添加一下参数： 二、画 QQ plot 阅读全文