LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性(the LD Score regression intercept, heritability and genetic correlation)

这篇文章是对之前啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)这篇文章的一个补坑。

LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性。

1 下载、安装ldsc

git clone https://github.com/bulik/ldsc.git

cd ldsc

2 安装ldsc依赖的环境

conda env create --file environment.yml

source activate ldsc

3 测试是否安装成功

如果安装成功,输入./ldsc.py -h代码会出现如下图:
 
ellmcV.png

输入./munge_sumstats.py -h代码会出现如下图:
 
ell1AJ.png

4 准备summary文件summary.txt

summary.txt为关联分析的summary数据,包含rs编号、染色体编号、位置、A1(效应等位基因)、A2(无效等位基因)、效应值(OR或BETA)、P值,如下图所示:

elql40.png

5 将summary文件转换为ldsc格式

munge_sumstats.py --sumstats summary.txt --N 17115 --out scz --merge-alleles w_hm3.snplist

这里的N指的是研究的样本数量;

scz是输出的文件名;

w_hm3.snplist是被纳入分析的SNP,包含三列:包含rs编号、位置、A1(效应等位基因)、A2(无效等位基因)# 这一步可有可无#

如果想把所有的SNP位点纳入分析,那么采用这个命令: munge_sumstats.py --sumstats summary.txt --N 17115 --out scz

这一步会生成scz.sumstats.gz的文件;

6 将基因型数据按染色体分开

for q in $(seq 1 22); do plink --bfile file --chr $q --make-bed --out chr$q done

这个步骤会生成22个plink格式文件(bed,bim,fam),每一个文件代表一条染色体。

eljBee.png

7 计算LD

for q in $(seq 1 22); do ldsc.py --bfile chr$q --l2 --ld-wind-cm 5 --yes-really --out chr/$q done

生成的文件如下所示:

e3pIpj.png

8 计算回归截距和遗传度(the LD Score regression intercept and heritability)

ldsc.py --h2 scz.sumstats.gz --ref-ld-chr chr/ --w-ld-chr chr/ --out scz_h2

scz.sumstats.gz为步骤5生成的文件

chr/ 为步骤7生成的LD文件路径

scz_h2为回归截距和遗传度的输出文件

9 查看回归截距(LD Score regression intercept )

less scz_h2.log

输出文件最底部:

Intercept: 1.0252 (0.0075)

截距为1.0252

关于回归截距怎么看,请看之前发过的推文:啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)

10 查看遗传度(heritability)

less scz_h2.log

输出文件最底部:

Total Observed scale h2: 0.7153 (0.0386)

遗传度为0.7153

11 计算遗传相关性(genetic correlation)

ldsc.py --rg trait1.sumstats.gz,trait2.sumstats.gz --ref-ld-chr chr/ --w-ld-chr chr/ --out trait1_trait2

trait1.sumstats.gz为表型1的ldsc格式文件;

trait2.sumstats.gz为表型2的ldsc格式文件;

chr/ 为步骤7生成的LD文件路径

trait1_trait2为表型1和表型2的遗传相关性输出文件;

12 查看遗传相关性(genetic correlation)

less trait1_trait2.log

输出文件最底部:

Genetic Correlation: 0.6561 (0.0605)

表型1和表型2的遗传相关性为0.6561

posted @ 2019-08-08 15:21 橙子牛奶糖 阅读(...) 评论(...) 编辑 收藏