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摘要: 这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后,请坚持看完 1、 "GWAS4D" , 推荐指数: 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: 阅读全文
posted @ 2019-10-29 19:56 橙子牛奶糖 阅读(9270) 评论(3) 推荐(1)
摘要: 前言 关于全基因组关联分析(GWAS)原理的资料,网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒,不愿意动笔,但想着既然答应了,不写说不过去。 我写这段话的意思是, 阅读全文
posted @ 2019-10-22 18:49 橙子牛奶糖 阅读(4512) 评论(0) 推荐(2)
摘要: 全基因组关联分析除了找到显著的关联位点,我们还可以做基因优化、geneset富集分析、组织富集分析,下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析。 summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X 或者 UNIX, 不支持 阅读全文
posted @ 2019-09-19 11:23 橙子牛奶糖 阅读(1720) 评论(4) 推荐(1)
摘要: 目前GWAS方向发了很多文献,但是并没有一个很完善的R包对这些文献的数据进行汇总。 接下来推荐的这个是最新发表的GWAS数据汇总R包​。看了一下功能齐全,但是数据不是收录的很齐全​。 下面具体讲一下。​ 在R上安装 查询是否有发表关于自身免疫性疾病的文章 提取显著信号位点信息 获取含有rs12752 阅读全文
posted @ 2019-08-28 21:26 橙子牛奶糖 阅读(3148) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 这篇文章是对之前 "啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)" 这篇文章的一个补坑。 LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性。 1 下载、安装ldsc 2 安装ldsc依赖的环境 3 测试是否安装成功 如果安装成功,输 阅读全文
posted @ 2019-08-08 15:21 橙子牛奶糖 阅读(9432) 评论(36) 推荐(2)
摘要: 在合并数据过程当中,经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的,这是一件很头疼的事。 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢。 举个最简单的例子,假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数据。那么存在以下几种可能:1)小明的基因型数据统一好正链或者负链;2)小红的基因型数据统一好正链或者 阅读全文
posted @ 2019-07-30 17:16 橙子牛奶糖 阅读(2163) 评论(2) 推荐(2)
摘要: 流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路,比如缺乏元素A与某种癌症相关,那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前提是缺乏元素A会导致这种癌症,也就是说元素A和癌症有因果关系。 但实际上,元素A和癌症有相关性,不代表他们之间就有因果关系。也 阅读全文
posted @ 2019-07-22 11:01 橙子牛奶糖 阅读(20085) 评论(0) 推荐(2)
摘要: 之前我写过一篇文章 "群体遗传分析分层校正,该选用多少个PCA?" ,里面提到可以通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分,后续就可以将显著的主成分加入协变量中。 这篇文章主要是讲如何通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分。 1下载安装EIGENSTRAT 1.1 下载 "下载地址" :h 阅读全文
posted @ 2019-07-10 21:08 橙子牛奶糖 阅读(4696) 评论(2) 推荐(3)
摘要: 前段时间有位小可爱问我,为什么她的QQ图特别飘,如果你不理解怎样算飘,请看下图: " " 理想的QQ图应该是这样的: " " 我当时的第一反应是:1)群体分层造成的;2)表型分布有问题。因此让她检查一下数据的群体分层情况,如果没有问题就看一下表型分布。 这段时间有空了,我觉得有必要梳理一下这个飘逸的 阅读全文
posted @ 2019-06-29 19:54 橙子牛奶糖 阅读(6941) 评论(0) 推荐(3)
摘要: 1. 申请时间 23andme的申请截止日期为每年的6月和12月;最近的一次截止日期是2019年6月12号; 23andme的委员会会在申请截止日期后的三个月后告知申请是否通过,即9月和次年3月就能得知申请结果; 2. 申请机构和申请人要求 申请机构可以是国内的、国外的、公共的、私人的,但必须是非商 阅读全文
posted @ 2019-06-12 10:29 橙子牛奶糖 阅读(1252) 评论(1) 推荐(1)
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