橙子牛奶糖

摘要： 这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后，请坚持看完 1、 "GWAS4D" , 推荐指数： 网址：http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: 阅读全文

摘要： 前言 关于全基因组关联分析（GWAS）原理的资料，网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程，却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒，不愿意动笔，但想着既然答应了，不写说不过去。 我写这段话的意思是， 阅读全文

摘要： 全基因组关联分析除了找到显著的关联位点，我们还可以做基因优化、geneset富集分析、组织富集分析，下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析。 summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X 或者 UNIX， 不支持 阅读全文

摘要： 目前GWAS方向发了很多文献，但是并没有一个很完善的R包对这些文献的数据进行汇总。 接下来推荐的这个是最新发表的GWAS数据汇总R包​。看了一下功能齐全，但是数据不是收录的很齐全​。 下面具体讲一下。​ 在R上安装 查询是否有发表关于自身免疫性疾病的文章 提取显著信号位点信息 获取含有rs12752 阅读全文

摘要： 这篇文章是对之前 "啊啊救救我，为何我的QQ图那么飘（全基因组关联分析）" 这篇文章的一个补坑。 LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外，还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性。 1 下载、安装ldsc 2 安装ldsc依赖的环境 3 测试是否安装成功 如果安装成功，输 阅读全文

摘要： 在合并数据过程当中，经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的，这是一件很头疼的事。 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢。 举个最简单的例子，假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数据。那么存在以下几种可能：1）小明的基因型数据统一好正链或者负链；2）小红的基因型数据统一好正链或者 阅读全文

摘要： 流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路，比如缺乏元素A与某种癌症相关，那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前提是缺乏元素A会导致这种癌症，也就是说元素A和癌症有因果关系。 但实际上，元素A和癌症有相关性，不代表他们之间就有因果关系。也 阅读全文

摘要： 之前我写过一篇文章 "群体遗传分析分层校正，该选用多少个PCA?" ，里面提到可以通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分，后续就可以将显著的主成分加入协变量中。 这篇文章主要是讲如何通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分。 1下载安装EIGENSTRAT 1.1 下载 "下载地址" ：h 阅读全文

摘要： 前段时间有位小可爱问我，为什么她的QQ图特别飘，如果你不理解怎样算飘，请看下图： " " 理想的QQ图应该是这样的： " " 我当时的第一反应是：1）群体分层造成的；2）表型分布有问题。因此让她检查一下数据的群体分层情况，如果没有问题就看一下表型分布。 这段时间有空了，我觉得有必要梳理一下这个飘逸的 阅读全文

摘要： 1. 申请时间 23andme的申请截止日期为每年的6月和12月；最近的一次截止日期是2019年6月12号； 23andme的委员会会在申请截止日期后的三个月后告知申请是否通过，即9月和次年3月就能得知申请结果； 2. 申请机构和申请人要求 申请机构可以是国内的、国外的、公共的、私人的，但必须是非商 阅读全文