EIGENSTRAT计算PCA的显著性

之前我写过一篇文章群体遗传分析分层校正,该选用多少个PCA?,里面提到可以通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分,后续就可以将显著的主成分加入协变量中。

这篇文章主要是讲如何通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分。

1下载安装EIGENSTRAT

1.1 下载

下载地址https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

1.2 安装

tar zxvf EIG-6.1.4.tar.gz

2 PCA计算

可以用plink计算PCA,也可以用EIGENSTRAT。

PLINK计算PCA比较简便,个人比较推荐PLINK。

之前已经介绍过怎么用PLINK计算PCA了,这里就不再赘述。

3 确定显著PCA数量

下面讲一下怎么用EIGENSTRAT确定多少个PCA被纳入协变量中。

3.1 如果是用EIGENSTRAT计算得到的PCA

用EIGENSTRAT计算得到后缀为.eval的文件后,使用如下命令:

/bin/twstats -t twtable -i pca.eval -o eigenvaltw.out

3.2 如果是用PLINK计算得到的PCA

用PLINK计算的PCA得到后缀为.eigenval的文件后,使用如下命令:

/bin/twstats -t twtable -i pca.eigenval -o eigenvaltw.out

3.3 结果解读

假定生成的eigenvaltw.out如下:

Z3eu7D.png

这张图里前三个PCA的P值小于0.05,说明做关联分析的时候要把前三个PCA加入协变量中。

posted @ 2019-07-10 21:08 橙子牛奶糖 阅读(...) 评论(...) 编辑 收藏