橙子牛奶糖

摘要： shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute。除此之外，还能提取SNP和样本，同样的，也能去除SNP和样本。下面简单介绍这两个功能。 一、提取SNP 提取SNP用到“--include-snp”参数，具体命令为： 其中，include_marker.site为我们需要 阅读全文

摘要： 一、为什么要做GWAS的条件分析（conditional analysis） 我们做GWAS的时候，经常扫出一堆显著的信号，假设rs121是我们扫出来与某表型最显著相关的位点（P=1.351e-36），rs124尾随其后(6.673e-22)，也是与该表型显著相关，那么这个时候，我们就有问题了：这个 阅读全文

摘要： 一、合并文件 plink合并文件需要用到“merge”参数 如果是ped和map格式文件，则用以下命令： 如果是二进制文件和ped,map格式文件，则用以下命令： 如果都是二进制文件，则用以下命令： 如果是合并多个文件，则用以下命令： batch.txt的文件格式如下： file1.bed file 阅读全文

摘要： 方法 从NPD（英国数据库，收集有关学生在学年中学业成绩的数据）和TEDS（英国国家课程指南报告成绩数据库，由国家教育研究基金会和资格与课程管理局制定标准化核心学术课程）数据库获得双胞胎的学业成绩数据 样本量：英国6000 对双胞胎 一般认知能力的测量（g）： 从TEDS数据库中获得7,1,9,10 阅读全文

摘要： 假如你的GWAS结果出现如下图的时候，怎么办呢？GWAS没有如预期般的扫出完美的显著信号，也就没法继续发挥后续研究的套路了。 最近，nature发表了一篇文献“Common genetic variants contribute to risk of rare severe neurodevelop 阅读全文

摘要： 数据预处理（DNA genotyping、Quality control、Imputation） QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型数据统计分析 逻辑回归（表型数据为二元） 线性回归（表型数据为连续性变量） 表型数据正态分析（如果不是正态分布， 阅读全文

摘要： 趁着周末，大好的日子，总结了一下外显子分析的思路（套路） 阅读全文

摘要： 写在即将离开宁夏回上海的前一周。 收获一：南方狗第一次体会到了雾霾和西北的冬天，很很兴奋。 这真的不是雾，是霾。。 当然，令我兴奋的，除了雾霾，还有各种小太阳，以及各种取暖工具 收获二：看日出 收获三：当然是吃吃吃啊 小时候我们称这种零食为“竹筒”。每逢一段时间，就会有人拉着机器过来，我们就会跑回家 阅读全文

摘要： 将plink文件用“--recode HV ”的参数生成即可 阅读全文

摘要： 1）将vcf转化为plink格式，假定输入的vcf文件名为：17893893-17898893.vcf,也可以参考链接：将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态 2) 用PLINK确定要研究的位点是否处于连锁的状态；生成blocks和blocks.det两种后缀格式文件； 以上结果 阅读全文