摘要: 1、 基因ID转换工具 https://hum-molgen.org/NewsGen/08-2009/000020.html 2、 the known binding sites of all TFs R 包 MotifDb: https://github.com/PriceLab/MotifDb 阅读全文
posted @ 2021-06-14 13:51 橙子牛奶糖 阅读(536) 评论(2) 推荐(1) 编辑
摘要: 这些年,陆陆续续收到不少小伙伴问我怎么在文章中致谢我,给个统一模板: We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX XXX 部分请自由发挥。 阅读全文
posted @ 2021-06-03 21:54 橙子牛奶糖 阅读(230) 评论(0) 推荐(2) 编辑
摘要: 1. 人类基因组转录起始位点 TSS http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/current/human/refTSS_v3.1_human_coordinate.hg38.bed.gz http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/ 阅读全文
posted @ 2021-06-02 22:53 橙子牛奶糖 阅读(375) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 时隔一年多,于今日(20210313)再次更新教程,后续如果新出教程的话会一直更新。 同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的**「你们」**~ by 「橙子牛奶糖(陈文燕)」 1.前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程 阅读全文
posted @ 2019-11-06 09:49 橙子牛奶糖 阅读(10749) 评论(6) 推荐(8) 编辑
摘要: 1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型(genotype)、是否能下载到GWAS结果文件(P值、效应值、SNP位点)。目前收集到的有如下: 参考到这些数据库的文献:Genome-wide association study identifies 74 loci associated wit 阅读全文
posted @ 2018-04-28 20:03 橙子牛奶糖 阅读(9965) 评论(0) 推荐(2) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220116 一、精细解读文献 一 文献题目: Mendelian randomization analyses support causal relationships between blood metabolites and the gut microbiome 不想看英文 阅读全文
posted @ 2022-01-16 23:24 橙子牛奶糖 阅读(3) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 给大家安利一款软件FORGE2,全称 Functional element Overlap analysis of the Results of GWAS Experiments version 2。简单来说,就是通过对 GWAS 信号位点和基因组功能调控元件进行富集,找到 GWAS 特异的细胞类型 阅读全文
posted @ 2022-01-15 16:57 橙子牛奶糖 阅读(10) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 需求:提取 1 号染色体的 21856782-21856982 和 43942666-43942866 区间的 fa 序列; 需要准备的test.gff3文件如下所示,第一列是染色体号,第二列和第三列的内容随意,第四列和第五列是提取的开始位置和终止位置,第六列和第八列内容随意,第七列是基因组的正负链 阅读全文
posted @ 2022-01-10 16:03 橙子牛奶糖 阅读(23) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20211226 一、精细解读文献 一 文献题目: Finding genetically-supported drug targets for Parkinson’s disease using Mendelian randomization of the druggable ge 阅读全文
posted @ 2021-12-26 22:34 橙子牛奶糖 阅读(53) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20211219 一、精细解读文献 一 文献题目: The power of genetic diversity in genome-wide association studies of lipids 不想看英文题目: 脂质全基因组关联的遗传多样性研究 杂志和影响因子: Natur 阅读全文
posted @ 2021-12-19 19:57 橙子牛奶糖 阅读(42) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 卡方检验(chi-square test):独立性检验,判断变量之间是否有相关性; 费歇尔精确检验(fisher's exact test):同样为独立性检验,但基于超几何分布; 什么情况下用卡方检验(chi-square test)或费歇尔精确检验(fisher's exact test)呢? 以 阅读全文
posted @ 2021-12-19 00:16 橙子牛奶糖 阅读(194) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 如下代码所示: data <- dat %>% arrange(desc(count)) #按照count一列降序排序 data$trait<-factor(data$trait,levels = unique(data$trait),ordered = T) #按照trait一列作为X轴排序 p= 阅读全文
posted @ 2021-12-16 14:16 橙子牛奶糖 阅读(111) 评论(2) 推荐(1) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20211212 一、精细解读文献 一 文献题目: Common and rare variant association analyses in amyotrophic lateral sclerosis identify 15 risk loci with distinct ge 阅读全文
posted @ 2021-12-12 13:45 橙子牛奶糖 阅读(48) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 如下图所示: 阅读全文
posted @ 2021-12-10 08:59 橙子牛奶糖 阅读(26) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 现在有文件file.txt, 如下所示: header1 header2 chr10_10000018 chr11 chr10_10000018 chr12 chr10_100000625 chr10 chr10_100000645 chr11 chr10_100001867 chr11 可以看到, 阅读全文
posted @ 2021-12-06 21:42 橙子牛奶糖 阅读(71) 评论(0) 推荐(1) 编辑