摘要:前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理。 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞。 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策。 不会跑 阅读全文
posted @ 2019-11-06 09:49 橙子牛奶糖 阅读(3929) 评论(3) 推荐(3) 编辑
摘要:1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型(genotype)、是否能下载到GWAS结果文件(P值、效应值、SNP位点)。目前收集到的有如下: 参考到这些数据库的文献:Genome-wide association study identifies 74 loci associated wit 阅读全文
posted @ 2018-04-28 20:03 橙子牛奶糖 阅读(4270) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:本周最新文献速递 今天有点忙,但文献分享不能落下,因此先介绍两篇吧。 一、不显著,也可以在高分杂志讲故事 文献题目: Genetic Regulation of Atherosclerosis-Relevant Phenotypes in Human Vascular Smooth Muscle C 阅读全文
posted @ 2020-10-18 23:38 橙子牛奶糖 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:传统的全基因组关联分析(GWAS)计算的是单个SNP与表型的相关性,除此之外,我们还可以进行SNP之间的互作效应与表型的相关性分析。 本推文主要介绍的是SNP间的上位效应与表型的相关性分析。 上位效应的公式为:Y ~ b0 + b1.A + b2.B + b3.AB + e Y为表型,A和B分别为两 阅读全文
posted @ 2020-10-14 11:45 橙子牛奶糖 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:多文解读:多基因分险得分(Polygenic risk score,PRS)应用 多基因分险得分(Polygenic risk score,PRS)的计算,我在去年的推文中就已经写过。 感兴趣的请见之前的推文:GWAS系列分析:多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算 纵观这 阅读全文
posted @ 2020-09-26 17:59 橙子牛奶糖 阅读(70) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:本周最新文献速递 一 文献题目: Identification of a Core Module for Bone Mineral Density through the Integration of a Co-expression Network and GWAS Data 不想看英文题目: 整合 阅读全文
posted @ 2020-09-20 16:27 橙子牛奶糖 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:FEM是一个整合RANSEQ和DNA甲基化数据的R包,由Andrew E. Teschendorff 和 Zhen Yang 开发、维护。 不多说,下面介绍如何使用FEM整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析。 1、安装、下载FEM if (!requireNamespace("BiocManage 阅读全文
posted @ 2020-09-12 21:17 橙子牛奶糖 阅读(60) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:No phenotype name specified, defaulting to 'outcome'.Error in [[<-.data.frame(*tmp*, type, value = "outcome") : replacement has 1 row, data has 0 这个报错 阅读全文
posted @ 2020-09-04 20:10 橙子牛奶糖 阅读(90) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:log2(mean(case))- log2(mean(control)) case指的是case样本的平均表达值;control同理; 忙,没时间解释,先记录一下。 阅读全文
posted @ 2020-09-02 17:06 橙子牛奶糖 阅读(154) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:最近在做甲基化分析,看到logFC值,突然好奇这个值是怎么转化过来的。 测试了一下,limma的logFC值与glm函数的Estimate值是一样的。 以下是limma包的结果,可以看到 logFC值为-0.09222974: logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B 阅读全文
posted @ 2020-09-02 17:01 橙子牛奶糖 阅读(130) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:比如原格式文件linear.xlsx是这样的: VA1和VA2是两个变量,想把它变成以下格式: 则用reshape2包转换: library(openxlsx) library(reshape2) sw<-read.xlsx("E:/linear.xlsx", sheet = 1, colNames 阅读全文
posted @ 2020-08-26 16:10 橙子牛奶糖 阅读(47) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画,haploview软件毛病比较多,比如不能有多态位点,输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另外一个画LD block的软件LDBlockShow,比haploview好用许多。不需要自己剔除多态位点,直接输入vcf文件 阅读全文
posted @ 2020-08-18 23:20 橙子牛奶糖 阅读(395) 评论(3) 推荐(0) 编辑