摘要:前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理。 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞。 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策。 不会跑 阅读全文
posted @ 2019-11-06 09:49 橙子牛奶糖 阅读(2232) 评论(3) 推荐(0) 编辑
摘要:###1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型(genotype)、是否能下载到GWAS结果文件(P值、效应值、SNP位点)。目前收集到的有如下: 参考到这些数据库的文献:Genome-wide association study identifies 74 loci associated 阅读全文
posted @ 2018-04-28 20:03 橙子牛奶糖 阅读(3001) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:样本间的相关性,可以反映公司加样时是否存在重复加样的错误。 下面简要介绍一下如果利用甲基化数据计算样本间的相关性 ###1、提取甲基化探针的snp位点、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自带的。 如果是自己的数据,那么提取甲基化snp位点用的是没有经过过滤的原始数据。 首先,安装: 阅读全文
posted @ 2020-05-26 19:27 橙子牛奶糖 阅读(11) 评论(2) 推荐(0) 编辑
摘要:安装 包时提示报错:there is no package called 'GO.db' 这个报错看起来问题不大,缺啥补啥。那就安装 包。 于是我麻溜的写下安装命令行 此时又报错了: Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", 阅读全文
posted @ 2020-05-25 10:52 橙子牛奶糖 阅读(15) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:一 文献题目: Characterizing the Causal Pathway for Genetic Variants Associated with Neurological Phenotypes Using Human Brain Derived Proteome Data 不想看英文题目 阅读全文
posted @ 2020-05-24 16:13 橙子牛奶糖 阅读(18) 评论(4) 推荐(0) 编辑
摘要:最近在分析甲基化数据,发现ChAMP包的输入端是beta(甲基化数据)和pheno(表型数据),找不到校正协变量(比如年龄、性别、批次等)的输入端。 如下代码所示: 查了一下ChAMP包的代码,发现ChAMP包调用的是limma函数。 因此,这事就比较好解决了。 只需要在原代码的基础上修改model 阅读全文
posted @ 2020-05-19 22:24 橙子牛奶糖 阅读(17) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:一 文献题目: ASEP: Gene based detection of allele specific expression cross individuals in a population by RNA sequencing. 不想看英文题目: 基于RNA测序数据检测个体间的等位基因特异性表 阅读全文
posted @ 2020-05-16 16:40 橙子牛奶糖 阅读(19) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:一 文献题目: Single cell RNA seq analysis of the brainstem of mutant SOD1 mice reveals perturbed cell types and pathways of amyotrophic lateral sclerosis. 阅读全文
posted @ 2020-05-10 18:54 橙子牛奶糖 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:p value换算成zscore公式如下: pvalue就是P值,c就是zscore的绝对值。如果想知道zscore的正负,需要看or或者beta的值。如果or大于1(beta大于0),zscore为正值,如果or小于1(beta小于0),zscore为负值 如果自己懒得用公式计算,也可以利用lds 阅读全文
posted @ 2020-05-07 16:50 橙子牛奶糖 阅读(54) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:一 文献题目: Genome wide DNA methylation profiles of low and high grade adenoma reveals potential biomarkers for early detection of colorectal carcinoma 不想 阅读全文
posted @ 2020-05-03 19:50 橙子牛奶糖 阅读(50) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:丹尼索瓦人: http://cdna.eva.mpg.de/denisova/VCF/human/ 尼安德特人: http://cdna.eva.mpg.de/neandertal/altai/AltaiNeandertal/VCF/ 多个古人的数据集合: http://genetics.med.h 阅读全文
posted @ 2020-04-25 15:26 橙子牛奶糖 阅读(16) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:文献题目: An analysis of genetically regulated gene expression across multiple tissues implicates novel gene candidates in Alzheimer's disease 不想看英文题目: 整合 阅读全文
posted @ 2020-04-20 11:17 橙子牛奶糖 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑