摘要:前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理。 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞。 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策。 不会跑 阅读全文
posted @ 2019-11-06 09:49 橙子牛奶糖 阅读 (177) 评论 (0) 编辑
摘要:欢迎来到"bio生物信息"的世界 1 前言 早期的研究普遍只做常染色体的全基因组关联分析,很少做性染色体的。 主要原因是性染色体的遗传模式比较复杂,存在X染色体失活,而且男女效应值不大一样。 其次,也不是所有的表型都是男女有差异的。 再然后,也没有很好的工具计算性染色体的关联分析。 随着遗传学的研究 阅读全文
posted @ 2019-11-18 20:26 橙子牛奶糖 阅读 (10) 评论 (0) 编辑
摘要:欢迎关注微信公众号“bio生物信息” GeneATLAS的数据全部来自 UK Biobank 的452,264个英国白人样本。 总共囊括的表型有778个,位点有三千万个。 优点 网站 所有关联分析的summary数据都是可以下载的。 而且提供了所有表型的 原始基因型数据的曼哈顿图、imputatio 阅读全文
posted @ 2019-11-13 11:13 橙子牛奶糖 阅读 (35) 评论 (0) 编辑
摘要:gene based关联分析研究是SNP based关联分析研究的一个补充。 目前有很多工具支持gene based关联分析研究,比如GCTA,VEGAS2等。 下面主要介绍一下怎么用VEGAS2做gene based的关联分析研究。 先说VEGAS2的优点,输入特别简单,不需要准备太多输入文件。 阅读全文
posted @ 2019-11-12 17:44 橙子牛奶糖 阅读 (25) 评论 (0) 编辑
摘要:前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理。 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞。 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策。 不会跑 阅读全文
posted @ 2019-11-06 09:49 橙子牛奶糖 阅读 (177) 评论 (0) 编辑
摘要:换算公式:z score=beta/SE 如果是从GWAS summary数据换算的话就是:z score=Effect/StdErr 来源:https://www.biostars.org/p/140292/ 阅读全文
posted @ 2019-11-01 11:05 橙子牛奶糖 阅读 (37) 评论 (0) 编辑
摘要:这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后,请坚持看完 1、 "GWAS4D" , 推荐指数: 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: 阅读全文
posted @ 2019-10-29 19:56 橙子牛奶糖 阅读 (105) 评论 (2) 编辑
摘要:前言 关于全基因组关联分析(GWAS)原理的资料,网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒,不愿意动笔,但想着既然答应了,不写说不过去。 我写这段话的意思是, 阅读全文
posted @ 2019-10-22 18:49 橙子牛奶糖 阅读 (173) 评论 (0) 编辑
摘要:全基因组关联分析除了找到显著的关联位点,我们还可以做基因优化、geneset富集分析、组织富集分析,下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析。 summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X 或者 UNIX, 不支持 阅读全文
posted @ 2019-09-19 11:23 橙子牛奶糖 阅读 (104) 评论 (0) 编辑
摘要:目前GWAS方向发了很多文献,但是并没有一个很完善的R包对这些文献的数据进行汇总。 接下来推荐的这个是最新发表的GWAS数据汇总R包​。看了一下功能齐全,但是数据不是收录的很齐全​。 下面具体讲一下。​ 在R上安装 查询是否有发表关于自身免疫性疾病的文章 提取显著信号位点信息 获取含有rs12752 阅读全文
posted @ 2019-08-28 21:26 橙子牛奶糖 阅读 (161) 评论 (0) 编辑
摘要:这篇文章是对之前 "啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)" 这篇文章的一个补坑。 LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性。 1 下载、安装ldsc 2 安装ldsc依赖的环境 3 测试是否安装成功 如果安装成功,输 阅读全文
posted @ 2019-08-08 15:21 橙子牛奶糖 阅读 (341) 评论 (0) 编辑