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## 1、 基因ID转换工具 https://hum-molgen.org/NewsGen/08-2009/000020.html ## 2、 the known binding sites of all TFs R 包 MotifDb： https://github.com/PriceLab/Mo 阅读全文
posted @ 2021-06-14 13:51
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这些年，陆陆续续收到不少小伙伴问我怎么在文章中致谢我，给个统一模板： We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX XXX 部分请自由发挥。 阅读全文
posted @ 2021-06-03 21:54
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1. 人类基因组转录起始位点 TSS http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/current/human/refTSS_v3.1_human_coordinate.hg38.bed.gz http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/ 阅读全文
posted @ 2021-06-02 22:53
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时隔一年多，于今日（20210313）再次更新教程，后续如果新出教程的话会一直更新。 同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的**「你们」**~ by 「橙子牛奶糖（陈文燕）」 1.前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程 阅读全文
posted @ 2019-11-06 09:49
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1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型（genotype）、是否能下载到GWAS结果文件（P值、效应值、SNP位点）。目前收集到的有如下： 参考到这些数据库的文献：Genome-wide association study identifies 74 loci associated wit 阅读全文
posted @ 2018-04-28 20:03
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1. Tracking clonal evolution during treatment in ovarian cancer using cell-free DNA 中文标题: cfDNA揭秘卵巢癌耐药演化：从诊断到复发，精准追踪克隆动态 关键词: 卵巢癌、克隆演化、cfDNA、耐药性、精准治疗 阅读全文
posted @ 2025-10-12 11:43
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1. Single-cell multi-omic and spatial profiling of esophageal squamous cell carcinoma reveals the immunosuppressive role of GPR116+ pericytes in cance 阅读全文
posted @ 2025-10-11 22:23
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Multiancestry brain pQTL fine-mapping and integration with genome-wide association studies of 21 neurologic and psychiatric conditions 中文标题： 多祖先脑蛋白遗传调 阅读全文
posted @ 2025-09-15 23:14
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Molecular subtypes of human skeletal muscle in cancer cachexia 中文标题： 破解癌症恶病质肌肉谜团！整合RNA组学揭示两大分子亚型预示预后 关键词： 癌症恶病质、分子亚型、RNA组学、非负矩阵分解、肌肉萎缩 摘要总结： 这篇文章通过高通量 阅读全文
posted @ 2025-09-12 17:10
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关键词 肺癌、克隆拷贝数、ALPACA方法、染色体不稳定性、生存预后 摘要总结 这篇文章是2025年8月发表在《Nature》杂志上的一篇研究，标题为“Clone copy number diversity is linked to survival in lung cancer”。这篇文章通过开发 阅读全文
posted @ 2025-09-02 22:49
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网络图大家应该不陌生，Gene Ontology，PPI等经常会用到网络图。比如下图是大家熟悉的Gene Ontology网络图: 今天教大家怎么用cytoscape绘制高级的网络图 1. 导入数据 下载、安装Cytoscape（https://cytoscape.org/）。 安装完毕后打开cyt 阅读全文
posted @ 2025-09-02 10:31
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使用命令BiocManager::install("GenomeInfoDbData")安装R包时，出现报错：'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", pac 阅读全文
posted @ 2025-08-18 23:13
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关键词 抑郁症、单核染色质开放性、兴奋性神经元、灰质微胶细胞、遗传风险变异位点 摘要总结 这篇文章是2025年8月发表在《Nature Genetics》杂志上的一篇研究，标题为“Single-nucleus chromatin accessibility profiling identifies 阅读全文
posted @ 2025-08-13 13:45
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关键词 单细胞转录组学、免疫细胞、多组学、遗传调控、COVID-19 摘要总结 这篇文章是2025年8月发表在《Nature Genetics》杂志上的一篇研究，标题为“Deciphering state-dependent immune features from multi-layer omic 阅读全文
posted @ 2025-08-11 21:44
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蛋白质水平是否不同 是的，不同的蛋白质面板测量的蛋白质水平似乎会有所不同。这是因为每个面板都设计用来测量与特定疾病领域或生物过程相关的独特蛋白质集合。例如，心血管代谢面板专注于与心血管和代谢疾病相关的蛋白质，而炎症面板则关注与免疫和炎症过程相关的蛋白质。由于这些面板测量的是不同的蛋白质，它们的水平自 阅读全文
posted @ 2025-06-02 22:30
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