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橙子牛奶糖
简介:陈文燕,本科暨南大学,中科院博士。 欢迎关注微信公众号“bio生物信息”,进群与众多生信同行一起讨论学术问题。私信不回,有问题请在文章下面评论。
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2020年3月13日
gcta报错:Error: line 2 contains non-numeric values in covar file
摘要: 报错原因: 虽然报错内容是含有非数值型数值,但实际情况是我从windows复制数字到linux产生的编码错误。 解决办法: 在linux下重新生成文件。
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posted @ 2020-03-13 20:54 橙子牛奶糖
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2020年2月28日
kaks calculator批量计算多个基因的选择压力kaks值
摘要: 欢迎来到"bio生物信息"的世界 今天给大家带来“批量计算kaks值”的技能。 关于kaks的背景知识我就不介绍了,感兴趣的自行搜索,这里直接开始讲怎么批量计算kaks值。 1 文件准备 首先准备两个文件,一个是基因的cds序列,一个是蛋白质序列。 cds序列和蛋白质可以在 "ensembl" 网站
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posted @ 2020-02-28 17:06 橙子牛奶糖
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2020年2月11日
使用SMART预测新型冠状病毒2019-nCoV的结构
摘要: 欢迎来到"bio生物信息"的世界 有很多的工具可以预测蛋白质结构,比如我之前写过的三篇文章: 1) "蛋白质结构模型和功能预测:Swiss model工具的使用" :https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7943409.html 2) "蛋白质结构模型和功能预测:
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posted @ 2020-02-11 11:35 橙子牛奶糖
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2020年1月28日
使用metaCCA进行单/多个SNP与多表型的典型相关性分析
摘要: 欢迎来到"bio生物信息"的世界 新年的第一篇更文。 祝大家新春快乐!身体健康! 18号回家以后,经历了如下过程。 20号 喉咙痛 21号 喉咙痛 22号喉咙痛 咳嗽 23 24号 咳嗽 25号 咳嗽为主 鼻塞 夜间咳嗽加剧 26号 咳嗽为主 鼻塞 流鼻涕 夜间咳嗽加剧 27号 咳嗽为主 鼻塞 流鼻
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posted @ 2020-01-28 16:07 橙子牛奶糖
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2020年1月27日
Error in read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type"))报错解决方式
摘要: 安装R包时产生如下错误: Error in read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type")) : 无法打开链结 此外: Warning messages: 1: In download.file(url, destfi
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posted @ 2020-01-27 20:15 橙子牛奶糖
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2020年1月12日
简单易懂的在线网站datamonkey:支系、基因、位点的选择压力检测
摘要: 欢迎来到"bio生物信息"的世界 今天,为大家带来一个在线网站 "datamonkey" ,可以同时检测支系、基因、位点的选择压力。 datamonkey网址:http://www.datamonkey.org/ 网站长这样: 该网站接受三种输入模式,分别为NEXUS、PHYLIP、FASTA。 另
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posted @ 2020-01-12 11:50 橙子牛奶糖
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2020年1月4日
cannot remove prior installation of package ‘purrr’报错
摘要: 安装hierfstat包出现的报错,解决办法是关闭R界面,重启R就OK了。
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posted @ 2020-01-04 13:43 橙子牛奶糖
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2020年1月3日
haploPS、XP-EHH、 Fst检测正向选择信号的实例介绍
摘要: 欢迎来到"bio生物信息"的世界 下面是一篇文献介绍。 关于人类基因组 的检测分析。 1.正向选择的概念 正向选择:某一突变位点逐渐积累,成为优势的位点。 具体表现为:随着时间延长,该位点的突变基因型频率越来越高,远远超过野生型; 2.正向选择的目的 通过比较 、`现代智人/灵长类动物 特定人群/参
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posted @ 2020-01-03 18:59 橙子牛奶糖
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2019年12月25日
平衡选择(Balancing Selection)检测及应用
摘要: 欢迎来到"bio生物信息"的世界 1 平衡选择概念 当一个位点上保留一个以上等位基因时,就会出现一种压力选择,即平衡选择。 最经典的例子是:疟疾与镰状细胞性贫血之间的平衡。 简单来说,一个位点由A变B,AA使得人群患镰状细胞性贫血症,BB使得人群患疟疾风险更高。AB杂合子则不会受疟疾的影响,最多是轻
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posted @ 2019-12-25 11:22 橙子牛奶糖
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2019年12月9日
awk:for循环输出文件名
摘要: 简单来说,有file1.txt, file2.txt, file3.txt file1.txt如下: 1 a 4 d d g file2.txt如下: 2 b g 6 9 0 file3.txt如下: g h g 0 8 h 我现在想把这三个文件的第二列和各自对应的文件名都打印出来,并且追加到一个文
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posted @ 2019-12-09 10:04 橙子牛奶糖
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