全基因组关联分析(GWAS):为何我的QQ图那么飘

前段时间有位小可爱问我,为什么她的QQ图特别飘,如果你不理解怎样算飘,请看下图:
ZMHPW6.md.jpg

理想的QQ图应该是这样的:

ZMHIXD.md.jpg

我当时的第一反应是:1)群体分层造成的;2)表型分布有问题。因此让她检查一下数据的群体分层情况,如果没有问题就看一下表型分布。

这段时间有空了,我觉得有必要梳理一下这个飘逸的QQ图,到底是怎么回事儿以及如何确定这么飘逸的QQ图有没有问题。

1.产生飘逸的QQ图的原因

产生飘逸的qq图的原因有很多,比如我们喜闻乐见的:基因多效性(polygenicity)。也有可能是混淆偏倚,比如群体分层,假如样本中混合了欧洲、非洲、亚洲等各个地方的群体,本身各个群体的SNP频率差异就很大,如果不加以群体分层控制,关联分析的时候就会产生很多偏离预期值的SNP位点。

很久以前,出现飘逸的QQ图的话,我们可以搭配膨胀系数(膨胀系数的计算)一起看,膨胀系数如果接近1(比如1.01,1.2这种不算接近1),那么也还算过得去。

但,膨胀系数接近1这种是比较理想的情况。实际情况是,很多人的QQ图不仅飘逸,膨胀系数还老高

这就尴尬了,连膨胀系数都无法确定这个QQ图飘的正不正常了。

所以呢,接下来还有什么方法确定我们的基因组数据有没有问题呢?

2.怎么确定是基因多效性还是混淆偏倚呢

接下来我要介绍一款神人工具LDSC (LD SCore),全称是LD Score regression

这款工具就是帮我们实现如何区分飘逸的QQ图正不正常

具体来说,就是通过LDSC工具计算基因组数据的LD回归截距,如果是基因多效性,那么截距会接近1(比如1.004),如果是群体分层等混淆因素引起的,那么LD回归截距就会远离1(比如1.30)。

除了看截距数值,我们还可以通过画LD Score的图来确定数据是否有问题。

2.1基因多效性

如果画出来的LDscore图是下面这种形式,说明GWAS结果是没有问题的,QQ图飘逸就让它飘逸吧。

2.2混淆偏倚

如果画出来的LDscore图是下面这种形式,说明QQ图是有问题的。

3.总结

总之,看截距。

截距很接近1,就不用管QQ图好不好看了。

远离1(1.3这种),说明基因组数据是有问题的,检查一下PCA加够了没有、群体分层有没有控制好、是否混了很多有亲缘关系的样本在里面。

如果你想了解怎么用LDSC计算截距,请见下回解析。

posted @ 2019-06-29 19:54 橙子牛奶糖 阅读(...) 评论(...) 编辑 收藏