橙子牛奶糖

摘要： 运行命令bedtools coverage -sorted -a ${path1}/input/gencode.v19.annotation.bed -b $file > ${result}/${tissueName}.coverage.txt出现的报错。 解决方案：删除bed文件的chr即可。如下 阅读全文

摘要： 原始的输入文件 file.wig 如下所示： 1 3110982 3111121 4 1 3115138 3115146 1 1 3115146 3115149 2 1 3115149 3115152 3 1 3115152 3115161 4 在 file.wig 文件中加上chr就可以解决报错了 阅读全文

摘要： 举个例子，现有文件test： CGAGTA 我们想将test文件的第二个字符（即G）替换为C，生成test1文件： CCAGTA 即可使用如下代码： awk 'BEGIN{FS=OFS=""}{sub(/G/,"C",$2)}1' test > test1 阅读全文

摘要： FASTQ 转为 FASTA seqkit fq2fa gene.fastq -o gene.fa gene.fastq gene.fa 阅读全文

摘要： 解决办法：去除在所有feature（比如基因）均为0到样本 阅读全文

摘要： CD4+ T: CD3D+, CD3E+, CD8A–; CD8+ T: CD3D+, CD8A+; NK cells: CD3D–, NKG7+, GNLY+; monocytes: CD14+, LYZ+; B: MS4A1+; granulocytes: PRSS57+; dendritic 阅读全文

摘要： The resulting CADD scores are expressed as a measure of deleteriousness (selection pressure bias) for single‐nucleotide variants (SNVs) and small inde 阅读全文

摘要： LOEUF (the loss-of-function observed/expected upper bound fraction): LOEUF is a conservative estimate of evolutionary selection against disease-causin 阅读全文

摘要： 使用命令tabix tumor.bed.gz 报错了：tabix： [ti_index_core] the file out of order at line XXX 加上参数-p bed就好了：tabix -p bed tumor.bed.gz 阅读全文

摘要： 之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。 命令如下所示： plink --meta-analysis gwas1.plink gwas2.plink gwas3.plink + logscale qt --meta-analysis-snp-f 阅读全文