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橙子牛奶糖
简介:陈文燕,本科暨南大学,中科院博士。 欢迎关注微信公众号“bio生物信息”,进群与众多生信同行一起讨论学术问题。私信不回,有问题请在文章下面评论。
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2022年9月19日
R语言中数据读取时,出现单引号的处理方式
摘要: 当数据中存在单引号时,如下所示: 当使用命令class <- read.table("file",header=T,sep="\t")读取时,就会出现如下所示情况: 所以,正确的读取方式是:class <- read.table("file",header=T,sep="\t",quote = ""
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posted @ 2022-09-19 16:40 橙子牛奶糖
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2022年9月6日
perl 报错:Can't locate ha/haha.pm in @INC,但ha/haha.pm模块已经存在了。
摘要: 运行perl good.pm出现的报错,但问题在bin下面已经有ha/haha.pm文件了。说明perl运行的时候没有找到ha/haha.pm的正确路径。 因此只需要在good.pm中加入haha.pm所在的路径即可,具体如下所示: use lib 'bin';
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posted @ 2022-09-06 15:31 橙子牛奶糖
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2022年8月16日
R语言:去除倒数多个元素
摘要: 现有字符串如下所示: merged_file "HAH_chr14_111111_222222_-_HE_111116_chr14_OK_for" 现在我们想把HAH_chr14_111111_222222_-提取出来,那么可以用到命令: library(stringr) split_file <-
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posted @ 2022-08-16 16:20 橙子牛奶糖
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plink:Error: Line X of .ped file has fewer tokens than expected.
摘要: 运行命令plink --file test1 --het --out test_het出现的报错:"Error: Line 135 of .ped file has fewer tokens than expected." 出现这种报错有两种原因: 1、map文件的SNP数量与ped的数量对应不上;
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posted @ 2022-08-16 14:18 橙子牛奶糖
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2022年8月2日
R语音:多列去重
摘要: 现有数据框如下所示: 我们需要去除 col1 和 col2 列重复的数据,变成如下所示: 则可以通过命令: library("dplyr") x <- c(0:2,0:2,13:22) y <- c(10:12,10:12,1:10) z <- c("A","B","C","D","A","B","
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posted @ 2022-08-02 15:10 橙子牛奶糖
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2022年7月21日
Rstudio: cannot create dir, reason 'No such file or directory'
摘要: 使用 Rstudio 安装 R 包install.packages("ggsignif")时弹出的错误。 解决办法:改成在 R 下安装就可解决,注意不是在 Rstudio 界面。
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posted @ 2022-07-21 21:40 橙子牛奶糖
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2022年7月11日
Cytoscape: 富集分析通路显示基因名(CluePedia+ClueGO)
摘要: 分别添加完 CluePedia 和 ClueGO 插件后,输入基因名,按照如下顺序即可显示通路中的基因名。
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posted @ 2022-07-11 15:44 橙子牛奶糖
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2022年7月7日
403. That’s an error. Your client does not have permission to get URL
摘要: 解决方案: 1、换个IP地址; 2、换个URL地址; 比如原先是https://www.google.com,改成https://www.google.com.hk/?gws_rd=ssl
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posted @ 2022-07-07 22:14 橙子牛奶糖
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2022年7月4日
gffread: 从基因组提取fa
摘要: 使用命令gffread -w test.fa -g GRCh38.primary_assembly.genome.fa test.gff3即可实现。 输入文件test.gff3如下所示: 记住:第三类可以写:transcript, protein, cds。不能写其他的字符,不然提取不了。 得到的输
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posted @ 2022-07-04 12:14 橙子牛奶糖
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2022年7月1日
R语言:按分隔符分割字符串并提取倒数三列
摘要: 数据框如下所示: 现在我们希望分割成如下格式: 则需要用到代码: library(stringi) test=read.table('test.file', header=F,sep=' ') y1=lapply(stri_split_regex(stri_reverse(test$new), pa
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posted @ 2022-07-01 14:29 橙子牛奶糖
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