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摘要: 关键词 亚洲人群、免疫细胞多样性、单细胞测序、遗传变异、精准医学 摘要总结: 这篇文章是2025年3月发表在《Cell》杂志上的一篇研究,标题为“Asian diversity in human immune cells”。这篇文章通过构建覆盖5个亚洲国家的619名健康人群的单细胞免疫图谱(AIDA 阅读全文
posted @ 2025-03-28 16:37 橙子牛奶糖 阅读(96) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 关键词 遗传变异, CXCL12基因, 全基因组关联研究, 冠状动脉疾病 摘要总结 这篇文章是2025年3月发表在《Cell》杂志上的一篇研究,标题为“CXCL12 drives natural variation in coronary artery anatomy across diverse 阅读全文
posted @ 2025-03-25 20:23 橙子牛奶糖 阅读(180) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 这篇文章是2025年3月发表在《Nature》杂志上的一篇研究,标题为“Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits”。这篇文章通过开发一种名为gsMap的计算方法,整合高分辨率空间转录组(ST)数据 阅读全文
posted @ 2025-03-24 20:21 橙子牛奶糖 阅读(273) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 摘要总结 这篇文章是2024年9月发表在《Nature Communications》杂志上的一篇研究,标题为“A cell type-aware framework for nominating non-coding variants in Mendelian regulatory disorde 阅读全文
posted @ 2025-03-23 17:37 橙子牛奶糖 阅读(85) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 摘要总结 这篇文章是2025年1月发表在《Nature Communications》杂志上的一篇研究,标题为“Uncovering the whole genome silencers of human cells via Ss-STARR-seq”。这篇文章通过开发一种名为Ss-STARR-se 阅读全文
posted @ 2025-03-22 22:31 橙子牛奶糖 阅读(253) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 运行命令python eqtl_prepare_expression.py data.tpm.gct data.reads_count.gct --tpm_threshold 0.1 --count_threshold 2 --sample_frac_threshold 0.2 --normaliz 阅读全文
posted @ 2024-10-18 12:34 橙子牛奶糖 阅读(314) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 染色质重塑:是指通过转录因子、组蛋白修饰酶、ATP依赖的重塑复合物等调节因子,调控染色质结构的过程。染色质重塑能够改变核小体密度、核小体组装方式,甚至调整整个染色质区域的三维结构。这种结构上的改变直接影响到染色质的可及性和基因的转录活性。 染色质重塑通过改变染色质的结构,特别是在增强子和启动子区域, 阅读全文
posted @ 2024-07-10 16:07 橙子牛奶糖 阅读(1115) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 使用susieR鉴定多个因果变异位点只需要两个输入文件,一个输入文件是包含Zscore值的SNP位点(zscore.txt),另一个文件是LD matrix(LD.matrix.ld)。 zscore.txt 文件如下所示: LD.matrix.ld 文件如下所示: LD.matrix.ld 文件是 阅读全文
posted @ 2024-06-26 20:57 橙子牛奶糖 阅读(626) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 运行命令bedtools coverage -sorted -a ${path1}/input/gencode.v19.annotation.bed -b $file > ${result}/${tissueName}.coverage.txt出现的报错。 解决方案:删除bed文件的chr即可。如下 阅读全文
posted @ 2024-05-28 16:54 橙子牛奶糖 阅读(159) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 原始的输入文件 file.wig 如下所示: 1 3110982 3111121 4 1 3115138 3115146 1 1 3115146 3115149 2 1 3115149 3115152 3 1 3115152 3115161 4 在 file.wig 文件中加上chr就可以解决报错了 阅读全文
posted @ 2024-04-09 10:12 橙子牛奶糖 阅读(57) 评论(0) 推荐(0)
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