小鲨鱼2018

2025年2月17日

该研究利用牛津纳米孔（ONT）超长读长、PacBio HiFi高精度测序及Hi-C技术

摘要：该研究利用牛津纳米孔（ONT）超长读长、PacBio HiFi高精度测序及Hi-C技术阅读全文

posted @ 2025-02-17 14:42 小鲨鱼2018 阅读(64) 评论(0) 推荐(0)

摘要： 001、 Linux 中 awk正则匹配屏蔽原始字符串 [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试文件 0M6 FKDN240280192-1A 0.51 Fail 0M7 FKDN 阅读全文

posted @ 2025-02-17 10:29 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)

2025年2月16日

plink实现将vcf文件转换为plink格式时FID和IID的变化

摘要： 000、原始文件ID [root@localhost test]# ls ## 测试文件 test.vcf [root@localhost test]# grep "^#" test.vcf | tail -n 1 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FOR 阅读全文

posted @ 2025-02-16 23:08 小鲨鱼2018 阅读(170) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中sed命令实现指定列的加倍

摘要： 001、第一列 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 [root@loc 阅读全文

posted @ 2025-02-16 20:10 小鲨鱼2018 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)

2025年2月3日

shell + python 计算 fastq文件的q20和q30值

摘要： 001、 shell zcat ${i}_trim_1P.fastq.gz | cat - <(zcat ${i}_trim_2P.fastq.gz) | awk 'NR % 4 == 0' > ${i}_quality.txt ## 将压缩后的fastq文件合并并提取出质量值 002、python 阅读全文

posted @ 2025-02-03 09:27 小鲨鱼2018 阅读(36) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk命令自定义函数

摘要： 001、 [root@PC1 test]# echo a | awk 'function my_length(str) {return length(str)}; {text = "Hello"; print "Length of text:", my_length(text)}' Length o 阅读全文

posted @ 2025-02-03 00:49 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)

python中实现两个文件的cat型的合并

摘要： python中实现两个文件的cat型的合并阅读全文

posted @ 2025-02-03 00:00 小鲨鱼2018 阅读(16) 评论(0) 推荐(1)

python 中实现gz文件的解压

摘要： python 中实现gz文件的解压。 001、 (base) [root@PC1 test]# ls a.txt.gz test.py (base) [root@PC1 test]# zcat a.txt.gz ## 测试的压缩文件 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 阅读全文

posted @ 2025-02-02 23:59 小鲨鱼2018 阅读(62) 评论(0) 推荐(1)

2025年2月2日

python中计算fastq文件的q20和q30值

摘要： 001、阅读全文

posted @ 2025-02-02 23:40 小鲨鱼2018 阅读(34) 评论(0) 推荐(0)

2025年2月1日

python 中将fastq数据的碱基质量值转换为数值

摘要： 001、 def fastq_quality_to_phred(fastq_file): with open(fastq_file, 'r') as f: for line in f: if line.startswith('+'): continue # 跳过加号行 quality_line = 阅读全文

posted @ 2025-02-01 23:32 小鲨鱼2018 阅读(18) 评论(0) 推荐(0)

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