小鲨鱼2018

2025年3月19日

摘要： 001、Linux 中求每一行数据的和 [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 [b20223040323@admin 阅读全文

posted @ 2025-03-19 17:08 小鲨鱼2018 阅读(35) 评论(0) 推荐(0)

R语言中绘制火山图

摘要： 001、 # 生成随机数据 set.seed(123) # 设置种子以便结果可重复 genes <- paste("Gene", 1:1000) # 基因名称 logFC <- rnorm(1000, mean = 0, sd = 2) # log2 fold change，均值为0，标准差为2的正阅读全文

posted @ 2025-03-19 12:53 小鲨鱼2018 阅读(94) 评论(0) 推荐(0)

R语言中从向量中删除特定的向量

摘要： 001、方法1 R语言中从向量中删除特定的向量 vec <- c("a", "b", "c", "e", "d") ## 测试向量 remove <- which(vec == "e") ## 获取删除内容的索引值 remove vec[-remove] ## 从原向量中删除 002、方法2 vec 阅读全文

posted @ 2025-03-19 08:59 小鲨鱼2018 阅读(40) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月17日

samtools idxstats 参数选项说明

摘要： 001、samtools idxstats 参数选项说明 [sy20213040737@admin2 zz_test_bam]$ ls ### 测试目录 ERR12389574.sorted.markdup.bam ERR12389574.sorted.markdup.bam.bai step1.s 阅读全文

posted @ 2025-03-17 16:15 小鲨鱼2018 阅读(64) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月15日

R语言中绘制多组箱线图

摘要： 001、 library(ggplot2) dim(ToothGrowth) head(ToothGrowth) ToothGrowth$dose = as.factor(ToothGrowth$dose) ## 转换为因子 ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len 阅读全文

posted @ 2025-03-15 10:59 小鲨鱼2018 阅读(88) 评论(0) 推荐(0)

Linux中删除第一列中指定分隔符最后的一个字段

摘要： 001、 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 00_3 8834 1b_kk ffaa 55_f3_34 8834 aa_bb_kk_44 44aa [root@localhost test 阅读全文

posted @ 2025-03-15 01:05 小鲨鱼2018 阅读(24) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月14日

VCFtools（v 0.1.16）使用

摘要： https://zhuanlan.zhihu.com/p/580033911 阅读全文

posted @ 2025-03-14 14:51 小鲨鱼2018 阅读(28) 评论(0) 推荐(0)

vcftools分离SNP和indel变异

摘要： 001、分离SNP和indel vcftools --vcf snp_indel.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_onlyref：01、https://zhuanlan.zhihu.com/p/580033911 阅读全文

posted @ 2025-03-14 14:49 小鲨鱼2018 阅读(72) 评论(0) 推荐(0)

vcftools计算基因组观测杂合度

摘要： 001、vcftools计算基因组观测杂合度阅读全文

posted @ 2025-03-14 11:53 小鲨鱼2018 阅读(79) 评论(0) 推荐(0)

vcftools根据个体id提取数据和删除数据

摘要： 001、vcftools根据个体id提取数据 [b20223040323@admin2 test5]$ ls ## 测试数据 id.list outcome.vcf [b20223040323@admin2 test5]$ cat id.list ## 提取的ID GMM5 GMM6 GMM7 GM 阅读全文

posted @ 2025-03-14 11:16 小鲨鱼2018 阅读(81) 评论(0) 推荐(0)

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