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摘要: 该研究利用牛津纳米孔(ONT)超长读长、PacBio HiFi高精度测序及Hi-C技术 阅读全文
posted @ 2025-02-17 14:42 小鲨鱼2018 阅读(64) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 Linux 中 awk正则匹配屏蔽原始字符串 [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试文件 0M6 FKDN240280192-1A 0.51 Fail 0M7 FKDN 阅读全文
posted @ 2025-02-17 10:29 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 000、原始文件ID [root@localhost test]# ls ## 测试文件 test.vcf [root@localhost test]# grep "^#" test.vcf | tail -n 1 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FOR 阅读全文
posted @ 2025-02-16 23:08 小鲨鱼2018 阅读(170) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、第一列 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 [root@loc 阅读全文
posted @ 2025-02-16 20:10 小鲨鱼2018 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 shell zcat ${i}_trim_1P.fastq.gz | cat - <(zcat ${i}_trim_2P.fastq.gz) | awk 'NR % 4 == 0' > ${i}_quality.txt ## 将压缩后的fastq文件合并并提取出质量值 002、python 阅读全文
posted @ 2025-02-03 09:27 小鲨鱼2018 阅读(36) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 [root@PC1 test]# echo a | awk 'function my_length(str) {return length(str)}; {text = "Hello"; print "Length of text:", my_length(text)}' Length o 阅读全文
posted @ 2025-02-03 00:49 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)
摘要: python中实现两个文件的cat型的合并 阅读全文
posted @ 2025-02-03 00:00 小鲨鱼2018 阅读(16) 评论(0) 推荐(1)
摘要: python 中实现gz文件的解压。 001、 (base) [root@PC1 test]# ls a.txt.gz test.py (base) [root@PC1 test]# zcat a.txt.gz ## 测试的压缩文件 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 阅读全文
posted @ 2025-02-02 23:59 小鲨鱼2018 阅读(62) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 001、 阅读全文
posted @ 2025-02-02 23:40 小鲨鱼2018 阅读(34) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 001、 def fastq_quality_to_phred(fastq_file): with open(fastq_file, 'r') as f: for line in f: if line.startswith('+'): continue # 跳过加号行 quality_line = 阅读全文
posted @ 2025-02-01 23:32 小鲨鱼2018 阅读(18) 评论(0) 推荐(0)
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