小鲨鱼2018

2025年3月11日

摘要： 001、实例如下： (base) [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试数据，第一列又两类重复 aa 11 bb 89 aa 77 kk 66 aa 88 kk 阅读全文

posted @ 2025-03-11 16:13 小鲨鱼2018 阅读(54) 评论(0) 推荐(0)

ERROR: Paired-end reads were detected in single-end read library : SRR208975

摘要： 001、featureCount命令报错：ERROR: Paired-end reads were detected in single-end read library : SRR208975 featureCounts -a GCF_034140825.1_ASM3414082v1_genomi 阅读全文

posted @ 2025-03-11 11:52 小鲨鱼2018 阅读(159) 评论(0) 推荐(0)

linux 中awk命令删除指定字段中特定字符串前边所有内容

摘要： 001、删除第9个字段gene_id前边的所有内容 [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试数据 NC_089035.1 Gnomon transcript 7328 15219 阅读全文

posted @ 2025-03-11 11:26 小鲨鱼2018 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月10日

ERROR: failed to find the gene identifier attribute in the 9th column of the provided GTF file.

摘要： 001、ERROR: failed to find the gene identifier attribute in the 9th column of the provided GTF file. 阅读全文

posted @ 2025-03-10 22:15 小鲨鱼2018 阅读(51) 评论(0) 推荐(0)

SRA数据下载丢失质量值信息

摘要： 001、SRA数据下载丢失质量值信息使用的转换命令如下： fastq-dump --gzip --split-files -A sample_name sample_name.lite.1 zcat SRR17344673_1.fastq.gz | head -n 4 002、解决方法： a、改用阅读全文

posted @ 2025-03-10 16:46 小鲨鱼2018 阅读(37) 评论(0) 推荐(0)

pfastq-dump 软件的安装以及测试

摘要： pfastq-dump 软件的安装以及测试 001、官网：https://github.com/inutano/pfastq-dump 002、下载最新版 wget -c https://github.com/inutano/pfastq-dump/archive/refs/tags/v0.1.6. 阅读全文

posted @ 2025-03-10 15:42 小鲨鱼2018 阅读(95) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月8日

Linux 中数组索引中*和@的区别

摘要： 001、 [root@PC1 test]# echo ${array1[*]} 100 aaa xxxYYY [root@PC1 test]# echo ${array1[@]} 100 aaa xxxYYY [root@PC1 test]# echo ${!array1[@]} 0 1 2 [ro 阅读全文

posted @ 2025-03-08 20:40 小鲨鱼2018 阅读(19) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 sh -c

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a.sh [root@PC1 test]# cat a.sh #!/bin/bash echo hello world [root@PC1 test]# sh -c bash a.sh ## 更新了系统环境变量？ (base) [root@PC1 t 阅读全文

posted @ 2025-03-08 10:22 小鲨鱼2018 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 xargs -i选项用法

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt b.txt test [root@PC1 test]# tree . ├── a.txt ├── b.txt └── test 1 directory, 2 files [root@PC1 test]# find *.txt a.txt 阅读全文

posted @ 2025-03-08 10:14 小鲨鱼2018 阅读(9) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月6日

linux 中sed命令删除指定分割符及其最后的一个域

摘要： 001、 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 W-URI-20 W-HYB-21 aaa fff-ddd-eee ZOM-1 ZOM-9 AWA-A-1 AWA-A-6 [root@PC1 test2]# se 阅读全文

posted @ 2025-03-06 09:10 小鲨鱼2018 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)

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