小鲨鱼2018

2025年3月28日

摘要： 001、 library(ggplot2) data <- data.frame( x = rnorm(100), y = rnorm(100) ) data$group <- sample(c("A", "B", "C"), 100, replace = TRUE) head(data) ggpl 阅读全文

posted @ 2025-03-28 12:06 小鲨鱼2018 阅读(30) 评论(0) 推荐(0)

ggplot2中绘制渐变色的散点图

摘要： 001、 library(ggplot2) data <- data.frame( x = rnorm(100), y = rnorm(100) ) ggplot(data, aes(x = x, y = y, color = y)) + geom_point(size = 3) + scale_c 阅读全文

posted @ 2025-03-28 12:01 小鲨鱼2018 阅读(79) 评论(0) 推荐(0)

R语言中ggplot绘图去除灰色背景并保留外围框线

摘要： 001、R语言中ggplot绘图去除灰色背景并保留外围框线 library(ggplot2) data <- data.frame( x = rnorm(10), y = rnorm(10) ) ggplot(data, aes(x = x, y = y)) + geom_point() + the 阅读全文

posted @ 2025-03-28 11:47 小鲨鱼2018 阅读(156) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月27日

NGS中根据比对覆盖度推测性别

摘要： 001、计算所有位点覆盖度 samtools depth -@ 8 sample.bam > sample.depth ## 利用samtools计算所有比对位点的覆盖度 002、计算性染色体相对覆盖度 awk '{t_sum += $3; if($1 == "chrX") {x_sum += $3 阅读全文

posted @ 2025-03-27 09:51 小鲨鱼2018 阅读(21) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月24日

vcftools计算fst选择信号滑窗参数

摘要： 001、vcftools计算选择信号滑窗参数 vcftools --vcf PopA_PopB.vcf --weir-fst-pop PopA.txt --weir-fst-pop PopB.txt --fst-window-size 50000 --fst-window-step 20000 -- 阅读全文

posted @ 2025-03-24 21:13 小鲨鱼2018 阅读(165) 评论(0) 推荐(0)

gatk硬过滤官方推荐参数

摘要： 001、官方链接 https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531112--How-to-Filter-variants-either-with-VQSR-or-by-hard-filtering 002、SNP、 gatk V 阅读全文

posted @ 2025-03-24 11:02 小鲨鱼2018 阅读(373) 评论(0) 推荐(0)

SNeP软件计算有效群体大小

摘要： 001、官网： https://sourceforge.net/projects/snepnetrends/ 002、脚本： SNeP1.1 -ped sample_name.ped -map sample_name.map -threads 10 -ld -out ./sample_name ## 阅读全文

posted @ 2025-03-24 09:02 小鲨鱼2018 阅读(199) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月23日

vcftools 中 --minDP 2 参数

摘要： 001、 vcftools --gzvcf raw.filtered.vcf.gz --minDP 2 --recode --recode-INFO-all --out result --minDP 2: 表示根据比对深度过滤，只保留比对深度大于2的位点。冒号分割的第三列是比对深度值： grep 阅读全文

posted @ 2025-03-23 17:32 小鲨鱼2018 阅读(72) 评论(0) 推荐(0)

2025年3月22日

ai中如何缩小绘图区域

摘要： ai中如何缩小绘图区域。 001、原始图片如下 002、目的：去除边缘多余的空白：选择矩形工具，并框选需要的区域 003、ctrl + a全选 004、右击图像，选择建立剪切蒙版。 005、效果如下：。阅读全文

posted @ 2025-03-22 22:52 小鲨鱼2018 阅读(71) 评论(0) 推荐(0)

ai中如何利用钢笔工具切割图像

摘要： 001、打开ai，绘制出一个测试图形如下： 002、选择钢笔工具，绘制出想要剪切的线 003、选中图形 004、点击上方的窗口，找到路径查找器。 005、点击分割 006、点击取消编组 007、这样就可以拖动分割后的图像了。。阅读全文

posted @ 2025-03-22 17:09 小鲨鱼2018 阅读(303) 评论(0) 推荐(0)

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