小鲨鱼2018

2025年2月1日

摘要： Linux 中如何实现数字每个三个数字增加一个逗号 001、 [s20223040682@admin1 test]$ ls a.txt [s20223040682@admin1 test]$ cat a.txt 23453245533 9706634552 356662212 34566 [s20 阅读全文

posted @ 2025-02-01 15:07 小鲨鱼2018 阅读(18) 评论(0) 推荐(0)

python 计算 fastq数据中的reads数目、碱基数目

摘要： 001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413_1.fastq SRR1770413_2.fastq test.py (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat test.py #!/usr/bin/env 阅读全文

posted @ 2025-02-01 00:04 小鲨鱼2018 阅读(44) 评论(0) 推荐(0)

python 计算 fastq数据中的GC 含量

摘要： 001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413_1.fastq SRR1770413_2.fastq test.py (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat test.py #!/bin/env pyt 阅读全文

posted @ 2025-02-01 00:03 小鲨鱼2018 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)

2025年1月29日

Linux 中 awk命令匹配某行中仅仅包含指定字符的行

摘要： 001、 (base) [s20213040583@admin1 test]$ ls a.txt (base) [s20213040583@admin1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 ATCkkCAA GGAaattTGccggCCAA ATCCAA05 阅读全文

posted @ 2025-01-29 19:12 小鲨鱼2018 阅读(23) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk命令输出指定字符匹配的次数

摘要： 001、 (base) [s20213040583@admin1 test]$ ls a.txt (base) [s20213040583@admin1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06aa 0aa7 08 09 10 1aa1 12 13 14d 阅读全文

posted @ 2025-01-29 19:11 小鲨鱼2018 阅读(18) 评论(0) 推荐(0)

测序中的GC偏好

摘要： 001、测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到，产生的reads更多，这些区域的覆盖度更高，在高GC或者低GC区域，不容易被测到，产生较少的reads，这些区域的覆盖度更少。用基因组单位长度的bin中的GC含量作为横坐标，覆盖度作为纵坐标作图，可以明显的看到该趋势。这阅读全文

posted @ 2025-01-29 19:10 小鲨鱼2018 阅读(89) 评论(0) 推荐(0)

2025年1月27日

Linux 中如何将time命令输出的时间信息保存在文件中

摘要： 001、通常做法 [root@localhost test]# time seq 10 > a.txt 2> xxx ## 完全追加至xxx real 0m0.002s user 0m0.000s sys 0m0.002s [root@localhost test]# ls a.txt xxx [ 阅读全文

posted @ 2025-01-27 13:28 小鲨鱼2018 阅读(105) 评论(0) 推荐(0)

线程数对samtools depth xxx.bam计算速度的影响

摘要： 001、测试如下： time (samtools depth Iran141.sorted.markdup.bam > xxx ) &> thread_1.time time (samtools depth -@ 5 Iran141.sorted.markdup.bam > xxx ) &> th 阅读全文

posted @ 2025-01-27 12:37 小鲨鱼2018 阅读(66) 评论(0) 推荐(0)

WGS数据分析中测序深度、比对深度、比对覆盖度的计算

摘要： 001、测序深度 = 测序量 / 基因组的大小。 a、根据fastq计算测序的碱基数目 b、计算参考基因组的碱基数目 c、a的结果/b的结果 002、比对深度 = 比对上所有位点深度之和/比对上的位点的数目。测试： (base) [b20223040323@admin1 test4]$ ls SR 阅读全文

posted @ 2025-01-27 12:15 小鲨鱼2018 阅读(220) 评论(0) 推荐(0)

2025年1月26日

samtools idxstats参数解读

摘要： 001、 samtools idxstat xxx.bam ## bam需要是排过序且构建过索引的 [s20223040682@admin1 test]$ samtools idxstats Iran141.sorted.markdup.bam | head ## 第一列染色体名称，第二列染色体的长阅读全文

posted @ 2025-01-26 21:58 小鲨鱼2018 阅读(92) 评论(0) 推荐(0)

公告