小鲨鱼2018

2025年2月19日

摘要： 001、R语言中输出数据框中某一列的字符串长度，并按照字符串的长度进行排序 a <- c("erw", "3s", "errrkk", "r", "r444") b <- letters[1:5] dat <- data.frame(a, b) ## 生成一个测试数据框 dat nchar(dat$ 阅读全文

posted @ 2025-02-19 22:17 小鲨鱼2018 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中依据LD信息对数据进行去冗余

摘要： 001、 plink --file file --sheep --allow-extra-chr --indep-pairwise 50 5 0.2 --set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order --out tmp_result ## 依据ld过滤 pl 阅读全文

posted @ 2025-02-19 17:47 小鲨鱼2018 阅读(136) 评论(0) 推荐(0)

plink 中依据亲缘关系进行过滤

摘要： plink 中依据亲缘关系进行过滤： plink --bfile step4_filtered --genome --min 0.2 --out related_samples --allow-no-sex plink --bfile step4_filtered --remove related_ 阅读全文

posted @ 2025-02-19 16:31 小鲨鱼2018 阅读(52) 评论(0) 推荐(0)

2025年2月17日

Linux中grep命令实现带有通配符.关键字符的精准匹配

摘要： Linux中grep命令实现带有通配符.关键字符的精准匹配 001、 [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试文件 new_seq KRA6 Karakaya new_seq ss 阅读全文

posted @ 2025-02-17 19:05 小鲨鱼2018 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)

该研究利用牛津纳米孔（ONT）超长读长、PacBio HiFi高精度测序及Hi-C技术

摘要：该研究利用牛津纳米孔（ONT）超长读长、PacBio HiFi高精度测序及Hi-C技术阅读全文

posted @ 2025-02-17 14:42 小鲨鱼2018 阅读(66) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 awk正则匹配屏蔽原始字符串

摘要： 001、 Linux 中 awk正则匹配屏蔽原始字符串 [b20223040323@admin2 test]$ ls a.txt [b20223040323@admin2 test]$ cat a.txt ## 测试文件 0M6 FKDN240280192-1A 0.51 Fail 0M7 FKDN 阅读全文

posted @ 2025-02-17 10:29 小鲨鱼2018 阅读(10) 评论(0) 推荐(0)

2025年2月16日

plink实现将vcf文件转换为plink格式时FID和IID的变化

摘要： 000、原始文件ID [root@localhost test]# ls ## 测试文件 test.vcf [root@localhost test]# grep "^#" test.vcf | tail -n 1 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FOR 阅读全文

posted @ 2025-02-16 23:08 小鲨鱼2018 阅读(205) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中sed命令实现指定列的加倍

摘要： 001、第一列 [root@localhost test]# ls a.txt [root@localhost test]# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 [root@loc 阅读全文

posted @ 2025-02-16 20:10 小鲨鱼2018 阅读(13) 评论(0) 推荐(0)

2025年2月3日

shell + python 计算 fastq文件的q20和q30值

摘要： 001、 shell zcat ${i}_trim_1P.fastq.gz | cat - <(zcat ${i}_trim_2P.fastq.gz) | awk 'NR % 4 == 0' > ${i}_quality.txt ## 将压缩后的fastq文件合并并提取出质量值 002、python 阅读全文

posted @ 2025-02-03 09:27 小鲨鱼2018 阅读(50) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中awk命令自定义函数

摘要： 001、 [root@PC1 test]# echo a | awk 'function my_length(str) {return length(str)}; {text = "Hello"; print "Length of text:", my_length(text)}' Length o 阅读全文

posted @ 2025-02-03 00:49 小鲨鱼2018 阅读(18) 评论(0) 推荐(0)

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