生信 - 随笔分类(第26页) - 小鲨鱼2018

GWAS logistic + 协变量回归分析

摘要：001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --pca 3 1> /dev/null ## 生成PCA 阅读全文

posted @ 2022-07-30 14:55 小鲨鱼2018 阅读(519) 评论(0) 推荐(0)

GWAS logistic回归分析

摘要：001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_case_cont.map gwas_case_cont.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_case_cont --logistic beta 1> /dev/null 阅读全文

posted @ 2022-07-30 13:23 小鲨鱼2018 阅读(233) 评论(0) 推荐(0)

使用基因型数据计算近交系数

摘要：001、plink --het （纯合度近交系数） root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --het 1> /dev/null root@PC1:/home/ 阅读全文

posted @ 2022-07-29 23:49 小鲨鱼2018 阅读(1650) 评论(0) 推荐(0)

利用基因型数据构建G矩阵

摘要：001、plink + sommer实现 root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --recode A 1> /dev/null ## 将A\T\C\G转换为0 阅读全文

posted @ 2022-07-29 21:30 小鲨鱼2018 阅读(541) 评论(0) 推荐(0)

R 脚本实现 xx.hmp.txt格式数据转换为plink格式

摘要：001、 dir() dat <- fread("mdp_genotype_test.hmp.txt", header = F, data.table = F) ## 读入文件 genotype <- t(dat[,12:ncol(dat)])[,-1] genotype <- apply(geno 阅读全文

posted @ 2022-07-29 18:03 小鲨鱼2018 阅读(424) 评论(0) 推荐(0)

linux shell脚本实现 xx.hmp.txt格式数据转换为plink格式

摘要：001、测试数据 root@PC1:/home/test# ls mdp_genotype_test.hmp.txt record.sh root@PC1:/home/test# head -n 5 mdp_genotype_test.hmp.txt | cut -f 1-13 ## 测试数据 rs 阅读全文

posted @ 2022-07-29 00:39 小鲨鱼2018 阅读(320) 评论(0) 推荐(0)

GWAS分析一般线性模型GLM + 协变量中meta、se、T、p值的计算

摘要：001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --pca 3 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls 阅读全文

posted @ 2022-07-27 11:22 小鲨鱼2018 阅读(449) 评论(0) 推荐(0)

GWAS分析中一般线性模型GML + 协变量中snp的回归系数r2的计算

摘要：001、plink + R root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --recode A 1> /dev/null root@PC1:/home/t 阅读全文

posted @ 2022-07-27 11:02 小鲨鱼2018 阅读(255) 评论(0) 推荐(0)

GWAS分析一般线性模型GLM中meta、se、T、p值的计算

摘要：001、plink root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --assoc 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls 阅读全文

posted @ 2022-07-27 00:59 小鲨鱼2018 阅读(968) 评论(0) 推荐(0)

GWAS分析中一般线性模型GML中snp的回归系数r2的计算

摘要：001、plink计算 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --assoc 1> /dev/null root@PC1:/home/test# 阅读全文

posted @ 2022-07-27 00:33 小鲨鱼2018 阅读(544) 评论(0) 推荐(0)

使用haploview进行LD分析

摘要：001、软件官网：https://www.broadinstitute.org/haploview/haploview 002、测试数据 root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# ls outcome. 阅读全文

posted @ 2022-07-21 19:39 小鲨鱼2018 阅读(1016) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件提取指定物理区间的数据

摘要：001、单位bp root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# cut -f 1 outcome.map | uniq -c | head -n 3 524 阅读全文

posted @ 2022-07-20 09:45 小鲨鱼2018 阅读(324) 评论(0) 推荐(0)

GWAS分析中显著性区域的基因注释

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6/test# ls all.gff3 region_merged.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6/test# grep -v "^#" all.gff3 | awk '$3 == "g 阅读全文

posted @ 2022-07-19 14:38 小鲨鱼2018 阅读(312) 评论(0) 推荐(0)

linux shell实现 GWAS显著性区域的合并

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls record.sh region.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# wc -l region.bed ## 测试数据 1058 region.bed root@DESKTOP 阅读全文

posted @ 2022-07-19 12:51 小鲨鱼2018 阅读(113) 评论(0) 推荐(0)

gwas分析中根据显著性p值筛选上下游10k位点

摘要：001、awk 实现 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# ls pvalue.bed root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test# cat pvalue.bed ## 第一列染色体，二列pos，三列p Chr1 15700 阅读全文

posted @ 2022-07-18 18:15 小鲨鱼2018 阅读(283) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --allow-no-sex 参数的作用

摘要：--allow-no-sex：在进行关联分析时，缺失性别信息时，仍然进行分析。 001、缺失性别信息，同时不使用改参数时： root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls clean.bed clean.bim clean.fam root@DESKTOP-1N42TVH 阅读全文

posted @ 2022-07-16 23:15 小鲨鱼2018 阅读(853) 评论(0) 推荐(0)

gemma 软件对数量性状混合线性模型T值及P值的计算

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# /home/software/gemma-0.98.5-linu 阅读全文

posted @ 2022-07-15 17:11 小鲨鱼2018 阅读(424) 评论(0) 推荐(0)

gemma 对数量性状一般线性模型关联分析计算 T值

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# /home/software/gemma-0.98.5-linu 阅读全文

posted @ 2022-07-15 16:45 小鲨鱼2018 阅读(155) 评论(0) 推荐(0)

plink软件 --linear 对数量性状进行关联分析 SE计算

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --linear --out test 1> 阅读全文

posted @ 2022-07-15 16:27 小鲨鱼2018 阅读(587) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件 --assoc 数量性状关联分析 T值的来源

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out test 1> / 阅读全文

posted @ 2022-07-15 10:21 小鲨鱼2018 阅读(137) 评论(0) 推荐(0)

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