随笔分类 - 生信
摘要：1、问题 [root@centos7pc1 samtools-1.15]# ./configure configure: error: curses development files not found 2、解决方法 [root@centos7pc1 samtools-1.15]# yum ins
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摘要：1、测试数据 root@PC1:/home/test# ls test.map test.ped root@PC1:/home/test# cat test.map ## 测试数据中一共包含有5个位点 2 snp1 0 209225353 2 snp2 0 209233002 2 snp3 0 20
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摘要：1、问题安装bedtools 执行make命令是报错fatal error: lzma.h: No such file or directory root@DESKTOP-1N42TVH:/home/software/bedtools2# ls LICENSE Makefile README.md
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摘要：1、执行make动作时出现如下问题 cram/cram_io.c:57:10: fatal error: bzlib.h: No such file or directory root@DESKTOP-1N42TVH:/home/software/bedtools2# ls LICENSE Make
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摘要：1、软件下载，下载地址：https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases 下载过程： root@PC1:/home/gemma_test# ls root@PC1:/home/gemma_test# pwd /home/gemma_test
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摘要：plink进行阈性状（质量性状）关联分析有两种方法 --assoc 和 --logistic， 这两种方法又分别有分是否校正： --assoc --adjust 和 --logistic --adjust --logistic方法有可以选择是否添加协变量： --logistic --covar 和
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摘要：plink软件中 --update-map 用于更新snp的物理位置。 1、测试数据 root@PC1:/home/test# ls new.pos outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# cat outcome.map ## 一共10个snp 1
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摘要：plink中 --set-missing-var-ids 用于对缺失snpID的snp设定名称 1、测试数据 root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# cat outcome.ped DOR 1 0 0
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摘要：1、问题，莫名其妙出现下面的问题，折腾半天也没有找出原因，后来索性暴力解决，直接解压文件看看咋回事， 解压半天提示文件损坏，。。。。 Error: File read failure. 2、重新下载文件，测试 root@PC1:/home/GWA_tutorial/2_Population_stra
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摘要：1、测试数据 root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# cat outcome.map 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0 122948 1 snp4 0 203
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摘要：1、 cut -d " " -f 7- $1 > nuc.ped awk '{for(i = 1; i <= NF; i = i + 2) {printf("%s ", $i)} {printf("\n")}}' nuc.ped > top.ped awk '{for(i = 2; i <= NF;
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摘要：1、R实现 dat <- read.table("outcome.ped") name1 <- c("FID", "IID", "PAT", "MAT","SEX", "PHENOTYPE" ) name2 <- dat[,1:6] name3 <- rbind(name1, name2) dat
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摘要：1、 result1 <- data.frame(1:100) for (i in 1:10) { temp1 <- sample(c("A", "C", "G", "T"), 2, replace = F) temp2 <- sample(c(temp1[1], temp1[2]), 100, r
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摘要：1、R脚本 dir() dat <- read.table("outcome.ped") dat id <- dat[,2] dat <- dat[, -(1:6)] result <- data.frame() for (i in 1:nrow(dat)) { count = 0 for (j i
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摘要：1、shell脚本 [root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash ## step1 for i in $(seq `sed -n "$=" $1`); do sed -n "$i"p $1 | cut -d " " -f 7- | grep -o "0"
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摘要：1、plink脚本 plink --file outcome --pca 3 header tabs --sheep --out pcatest > /dev/null; rm *.log *.nosex 2、R绘图 dir() dat <- read.table("pcatest.eigenvec
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摘要：1、R实现 dir() dat <- read.table("outcome.ped") dim(dat) dat <- dat[,-(1:6)] loci <- data.frame(v1 = rep(1, 2 * nrow(dat))) for (i in 1:(ncol(dat)/2)) {
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摘要：1、脚本 [root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash #step1 check ped file uniqn=$(sed 's/\r//g' $1 | cut -d " " -f 7- | sed 's/ /\n/g' | sort -u | wc -
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摘要：1、 dir() dat <- read.table("outcome.ped") dat <- dat[,-(1:6)] loci <- data.frame() loci[1:(nrow(dat) * 2), 1] <- 1 for (i in 1:(ncol(dat)/2)) { loci <
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摘要：1、 [root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash #step1 check consistence of columns temp1=`head -n 1 $1 | awk '{print NF}'` for i in $(seq `sed -n "$
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