生信 - 随笔分类(第27页) - 小鲨鱼2018

plink 软件中 --assoc （或 --linear）对数量性状进行关联分析中T检验，由T值计算p值验证

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out t 阅读全文

posted @ 2022-07-14 23:45 小鲨鱼2018 阅读(636) 评论(2) 推荐(0)

plink 软件中 --assoc 参数对二分类性状关联分析卡方值、及p值计算

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out t 阅读全文

posted @ 2022-07-14 23:21 小鲨鱼2018 阅读(441) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --reference-allele 参数用于设定参考等位基因

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 SNP1 0 55910 1 SNP2 0 85 阅读全文

posted @ 2022-07-14 19:11 小鲨鱼2018 阅读(1119) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --update-map 参数

摘要：--update-map：用于更新SNP的built（SNPID + POS）。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls newbuilt.txt outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/tes 阅读全文

posted @ 2022-07-14 17:47 小鲨鱼2018 阅读(165) 评论(0) 推荐(0)

vcftools 软件中 --site-pi 计算的杂合度指的是什么？

摘要：--site-pi：位点的期待杂合度。（计算等位基因频率p、q, 处于哈迪温伯格平衡时杂合子的概率，即2pq。） 001、 plink 软件中计算位点的期待杂合度 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls result.map result.ped root@DESK 阅读全文

posted @ 2022-07-14 10:21 小鲨鱼2018 阅读(2015) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件 --hardy参数计算哈代温伯格平衡中 p值的来源

摘要：基本公式： 001、计算卡方值x^2，然后根据自由度计算p值。 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# ls result.map result.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# plink --file result --ha 阅读全文

posted @ 2022-07-13 20:14 小鲨鱼2018 阅读(1091) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --impute-sex 参数

摘要：plink 软件中--impute-sex参数：基因基因型信息推断性别（x染色体--het参数的F值，female: F < 0.2; male: F > 0.8），并写入数据。 001、计算f值 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls outcome.map o 阅读全文

posted @ 2022-07-13 10:20 小鲨鱼2018 阅读(453) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --het参数

摘要：001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file outcome --het --out test PLINK v1.90b 阅读全文

posted @ 2022-07-12 22:21 小鲨鱼2018 阅读(1021) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --check-sex参数

摘要：1、--check-sex用于验证性别信息是否可靠。检测依据是对x染色体进行纯合度F值统计。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/GWA_tutorial/1_QC_GWAS/test# ls HapMap_3_r3_5.bed HapMap_3_r3_5.b 阅读全文

posted @ 2022-07-12 21:59 小鲨鱼2018 阅读(682) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 cases 和 controls

摘要：表型2是case。表型1是control。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 s64199.1 阅读全文

posted @ 2022-07-12 16:15 小鲨鱼2018 阅读(283) 评论(0) 推荐(0)

plink Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM.

摘要：Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM. 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# cat te 阅读全文

posted @ 2022-07-12 00:36 小鲨鱼2018 阅读(655) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件输出日志文件中 founders 和 nonfounders指的是什么？

摘要：001、founders：同时没有父本和母本信息的个体 002、nofunders：有父本或者母本信息的个体。（1）、测试 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4 阅读全文

posted @ 2022-07-11 23:12 小鲨鱼2018 阅读(429) 评论(0) 推荐(0)

Warning: 225 het. haploid genotypes present (see test.hh ) 产生原因

摘要：001、（1）、23号染色体（2）、雄性（3）、基因型为杂合以上三个原因造成出现plink.hh文件的出现。 i、测试染色体。 1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls chr23.map chr23.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/ 阅读全文

posted @ 2022-07-11 21:49 小鲨鱼2018 阅读(375) 评论(0) 推荐(0)

使用plink、gemma软件进行gwas分析增加协变量

摘要：001、plink root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls cov.txt gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# head cov.txt ## 协变量文件前两列FID、IID；第三阅读全文

posted @ 2022-07-10 23:25 小鲨鱼2018 阅读(3332) 评论(2) 推荐(1)

gemma、plink使用一般线性模型进行GWAS分析

摘要：001、测试数据 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls ## 表型数据为ped文件的第6列 gwas_test.map gwas_test.ped 002、plink 一般线性模型GWAS （1）、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# 阅读全文

posted @ 2022-07-10 12:44 小鲨鱼2018 阅读(829) 评论(0) 推荐(0)

plink格式数据（ped文件第5列、第6列）

摘要：001、ped文件第5列：表示性别信息（1表示male、2表示female、0或者其他字母表示未知） root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# cat 阅读全文

posted @ 2022-07-08 20:15 小鲨鱼2018 阅读(668) 评论(0) 推荐(0)

单细胞数据分析-数据的标准化 NormalizeData函数

摘要：001、 pbmc <- NormalizeData(pbmc) 002、实现过程 dat <- pbmc[["RNA"]]@counts dat <- as.data.frame(dat) for (i in 1:ncol(dat)) { dat[,i] <- log1p(dat[,i]/sum( 阅读全文

posted @ 2022-06-30 20:01 小鲨鱼2018 阅读(339) 评论(0) 推荐(0)

单细胞数据分析计算每个细胞MT-比例

摘要：1、awk + >>追加实现 for i in $(seq 2 $(head -n 1 a.txt | awk '{print NF}')); do cut -f 1,$i a.txt | awk 'BEGIN{sum =0 } {if(NR != 1) sum += $2} {if($1 ~ /^ 阅读全文

posted @ 2022-06-30 10:27 小鲨鱼2018 阅读(206) 评论(0) 推荐(0)

Dependency is not satisfiable: libssl1.0.0|libssl1.0.2|libssl1.1

摘要：001、问题 root@PC1:/home/software# gdebi rstudio-server-2022.02.3-492-amd64.deb Reading package lists... Done Building dependency tree... Done Reading st 阅读全文

posted @ 2022-06-13 15:31 小鲨鱼2018 阅读(1294) 评论(0) 推荐(0)

Seurat单细胞测序中高变异基因的选择程序验证

摘要：数据来源：https://www.jianshu.com/p/4f7aeae81ef1 1、 library(dplyr) library(Seurat) library(patchwork) # Load the PBMC dataset pbmc.data <- Read10X(data.dir 阅读全文

posted @ 2022-06-07 13:25 小鲨鱼2018 阅读(312) 评论(0) 推荐(0)

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