生信 - 随笔分类(第30页) - 小鲨鱼2018

ubuntu 安装 rstudio-server

摘要：1、内核版本 root@ubuntu01:/home# hostnamectl Static hostname: ubuntu01 Icon name: computer-vm Chassis: vm Machine ID: f3145548a2fe40f2a4a23301fc7493a5 Boot 阅读全文

posted @ 2021-10-15 18:01 小鲨鱼2018 阅读(1035) 评论(0) 推荐(0)

SRA Toolkit的下载安装及使用

摘要：1、下载进NCBI官网 2、 3、 4、根据系统选择版本，下载即可 5、查看自己系统 [root@PC3 software]# hostnamectl Static hostname: PC3 Icon name: computer Chassis: n/a Machine ID: b7fae4ce 阅读全文

posted @ 2021-07-31 12:08 小鲨鱼2018 阅读(2718) 评论(0) 推荐(1)

NCBI中sra数据的下载

摘要：sra数据的下载 1、打开ncbi官网，（测试的数据连接： https://genome.cshlp.org/content/24/8/1308.long） 2、 3、 4、依次点击 5、选择下载工具下载即可阅读全文

posted @ 2021-07-31 11:40 小鲨鱼2018 阅读(609) 评论(0) 推荐(0)

plink软件计算位点杂合度和样本杂合度

摘要：杂合度计算分为两种：位点杂合度和样本杂合度 1、计算位点杂合度，测试数据如下: [root@centos79 test]# ls outcome.map outcome.ped [root@centos79 test]# cat outcome.map ## 8个snp位点 1 snp1 0 559 阅读全文

posted @ 2021-07-08 13:55 小鲨鱼2018 阅读(3536) 评论(0) 推荐(0)

plink --flip 命令实现正负链的反转

摘要：plink --filp命令实现正负链的反转 1、 [root@centos79 test]# ls ## 测试数据如下， 8个位点， 8个样本 a.txt outcome.map outcome.ped [root@centos79 test]# cat outcome.map 1 snp1 0 阅读全文

posted @ 2021-07-07 09:59 小鲨鱼2018 阅读(946) 评论(0) 推荐(0)

plink格式中如何提取map文件重复的位点

摘要：1、 dat <- read.table("test.map",header = F) dat2 <- dat[c(1,4)] unique(sort(dat2$V1)) dat2[dat2$V1 == "X",]$V1 = 10000 dat2$V1 <- as.numeric(dat2$V1) 阅读全文

posted @ 2021-07-06 13:23 小鲨鱼2018 阅读(227) 评论(0) 推荐(0)

linux 系统如何给软件设置环境变量

摘要：安装软件后，如果不针对软件的可执行程序设置环境变量，则在每次使用软件时，均需要调用软件可执行程序的绝对路径，相对繁琐。以下以plink软件为例，将plink的可执行程序加入环境变量。 1、首先下载plink软件，http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/download.s 阅读全文

posted @ 2021-06-23 21:59 小鲨鱼2018 阅读(686) 评论(0) 推荐(0)

使用detectRUNS包进行ROH检测，计算近交系数实践

摘要：1、测试数据下载链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g 提取码：5wfe 数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。 2、下载、安装detectRUNS包 i 阅读全文

posted @ 2021-06-23 21:55 小鲨鱼2018 阅读(1571) 评论(0) 推荐(0)

gcta 计算 fst 实践

摘要：1、测试数据下载链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g 提取码：5wfe 数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。 2、提取两个品种数据 grep -E " 阅读全文

posted @ 2021-06-23 21:49 小鲨鱼2018 阅读(409) 评论(0) 推荐(0)

PCA 主成分分析实践 gcta软件

摘要：1、测试数据下载链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g 提取码：5wfe 数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。 2、下载gcta软件，官网： https 阅读全文

posted @ 2021-06-23 21:45 小鲨鱼2018 阅读(1024) 评论(0) 推荐(0)

使用admixture软件分析群体组成

摘要：1、测试数据下载链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g 提取码：5wfe 数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。 2、使用plink将测试数据转化为二进制阅读全文

posted @ 2021-06-23 21:41 小鲨鱼2018 阅读(1122) 评论(0) 推荐(0)

PCA 主成分分析实践 plink软件

摘要：1、测试数据下载链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g 提取码：5wfe 数据为plink 格式数据test.map、test.ped ；一共包含三个品种，DOR、GMM、SUN各20个样本。 2、运行plink软件，命令如下： pl 阅读全文

posted @ 2021-06-23 21:37 小鲨鱼2018 阅读(1713) 评论(0) 推荐(0)

plink软件计算snp位点的观测杂合度和期待杂合度

摘要：1、测试数据 [root@linuxprobe test]# ls outcome.map outcome.ped [root@linuxprobe test]# cat outcome.ped DOR 1 0 0 0 -9 C C C C A A G G A G G G G G G C DOR 2 阅读全文

posted @ 2020-10-15 19:24 小鲨鱼2018 阅读(3195) 评论(0) 推荐(0)

plink软件统计缺失率

摘要：1、准备测试数据 [root@linuxprobe test3]# cat test.map 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0 122948 1 snp4 0 203750 1 snp5 0 312707 1 snp6 0 356863 1 snp7 0 阅读全文

posted @ 2020-10-12 21:13 小鲨鱼2018 阅读(897) 评论(0) 推荐(0)

plink软件中--set-missing-var-ids @:#的作用

摘要：1、测试数据 [root@linuxprobe test]# ls test.map test.ped [root@linuxprobe test]# cat test.map ## 测试数据snpID为. 1 . 0 55910 1 . 0 85204 1 . 0 122948 1 . 0 203 阅读全文

posted @ 2020-10-10 21:53 小鲨鱼2018 阅读(585) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --recode 01、--recode 12、--output-missing-genotype的作用

摘要：1、准备测试数据，8个样本，8个位点 [root@linuxprobe test]# cat outcome.ped DOR 1 0 0 0 -9 A G G G G G G C G G C C C C 0 0 DOR 2 0 0 0 -9 G G G G A G C C G G G C C C 0 阅读全文

posted @ 2020-10-10 20:58 小鲨鱼2018 阅读(2660) 评论(0) 推荐(0)

plink格式文件如何提取位点、删除位点、提取样本、删除样本

摘要：1、准备测试数据10个样本，10个位点 [root@linuxprobe test]# ls test.map test.ped [root@linuxprobe test]# cat test.ped ## 10个样本，10行 DOR sample01 0 0 0 -9 G G C C G G G 阅读全文

posted @ 2020-10-07 00:44 小鲨鱼2018 阅读(9872) 评论(0) 推荐(1)

plink格式数据依据染色体拆分数据、依据染色体合并数据

摘要：1、准备测试数据 [root@linuxprobe test]# ls test.map test.ped [root@linuxprobe test]# wc -l * ## 46827个位点，60个样本 46827 test.map 60 test.ped 46887 total [root@l 阅读全文

posted @ 2020-10-05 16:49 小鲨鱼2018 阅读(5535) 评论(0) 推荐(0)

beagle 填充 Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: NaN

摘要：1、使用beagle填充遇到如下报错： 2、原因是有两个相邻位点出现如下全部杂合基因型组合：目前原因未知。阅读全文

posted @ 2020-09-30 20:04 小鲨鱼2018 阅读(942) 评论(0) 推荐(0)

利用phylip软件对SNP数据构建进化树

摘要：1、下载、安装 phylip软件官网： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gzt 阅读全文

posted @ 2020-05-31 23:09 小鲨鱼2018 阅读(8742) 评论(8) 推荐(1)

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