生信 - 随笔分类(第23页) - 小鲨鱼2018

centos7中安装delly软件

摘要：001、系统 [root@localhost home]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 方法1 conda安装 01、创建python环境 [root@localhost home]# conda crea 阅读全文

posted @ 2022-10-03 14:52 小鲨鱼2018 阅读(306) 评论(0) 推荐(0)

centos7中sambamba软件的安装

摘要：001、系统 [root@localhost ~]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 002、创建python2.7环境 [root@localhost ~]# conda create -n py27 pyt 阅读全文

posted @ 2022-10-02 18:03 小鲨鱼2018 阅读(204) 评论(0) 推荐(0)

centos7中 lumpy软件的安装

摘要：001、利用conda创建py2.7环境 conda create -n py27 python=2.7 ## 创建py2.7环境 002、进入python2.7环境 conda activate py27 003、利用conda安装lumpy软件 conda install -c bioconda 阅读全文

posted @ 2022-10-02 17:49 小鲨鱼2018 阅读(156) 评论(0) 推荐(0)

linux 中shell脚本实现将fasta文件的scaffold拆分为单独的文件

摘要：001、 shell实现 [root@PC1 test]# ls test.fa [root@PC1 test]# cat test.fa ## 测试fasta文件 > chr1 ddddgggg ddfgg > chr2 eertttt dddddg > chr3 dfdfgggg lljhhhh 阅读全文

posted @ 2022-09-28 15:58 小鲨鱼2018 阅读(178) 评论(0) 推荐(0)

pindel软件的基本用法

摘要：pindel官网：http://gmt.genome.wustl.edu/packages/pindel/ 001、基本用法 pindel -i simulated_config.txt -f simulated_reference.fa -o xxxxx -c ALL 其中 -i参数用于指定配置文阅读全文

posted @ 2022-09-25 22:29 小鲨鱼2018 阅读(538) 评论(0) 推荐(0)

利用samtools软件将sam文件转换为bam文件

摘要：samtools view -bS test.sam > test.bam samtools view -b -S test.sam -o test.bam # 自定义线程数 samtools view -@ 50 -bS test.sam >test.bam 来源：https://blog.csd 阅读全文

posted @ 2022-09-23 08:28 小鲨鱼2018 阅读(710) 评论(0) 推荐(0)

conda中如何创建、查看、删除虚拟环境

摘要：001、查看利用conda创建的虚拟环境 (base) [root@PC1 software]# conda env list # conda environments: # base * /root/anaconda3 002、利用conda创建虚拟环境 a、创建： (base) [root@PC 阅读全文

posted @ 2022-09-21 10:04 小鲨鱼2018 阅读(3368) 评论(0) 推荐(0)

清华anaconda开源镜像下载站

摘要：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/?C=M&O=D 阅读全文

posted @ 2022-09-20 22:45 小鲨鱼2018 阅读(319) 评论(0) 推荐(0)

conda 中如何移除默认源

摘要：001、 (base) liujiaxin01@ubuntu02:~$ conda config --show channels ## 显示当前源 channels: - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ - https://m 阅读全文

posted @ 2022-09-20 22:31 小鲨鱼2018 阅读(4475) 评论(0) 推荐(0)

conda中如何移除指定的源

摘要：001、 (base) liujiaxin01@ubuntu02:~$ conda config --show channels ## 查看当前源 channels: - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/ - https://mirr 阅读全文

posted @ 2022-09-20 22:27 小鲨鱼2018 阅读(620) 评论(0) 推荐(0)

conda中如何恢复默认源

摘要：001、 (base) liujiaxin01@ubuntu02:~$ conda config --show channels ## 查看当前源 channels: - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/ - https://mirr 阅读全文

posted @ 2022-09-20 22:22 小鲨鱼2018 阅读(5072) 评论(0) 推荐(1)

anaconda 中如何增加国内镜像源

摘要：001、 (base) [liujiaxin01@PC1 software]$ cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) ## 系统发行版 (base) [liujiaxin01@PC1 software]$ conda 阅读全文

posted @ 2022-09-20 11:14 小鲨鱼2018 阅读(795) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中利用conda安装delly软件

摘要：001、 (base) [liujiaxin01@PC1 home]$ cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) ## 系统版本 (base) [liujiaxin01@PC1 home]$ conda --versio 阅读全文

posted @ 2022-09-20 10:36 小鲨鱼2018 阅读(62) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu 22.04中利用conda 安装 delly软件

摘要：001、 root@ubuntu01:/home/software# lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Ubuntu Description: Ubuntu 22.04.1 LTS ## 系统版本 Release 阅读全文

posted @ 2022-09-19 23:27 小鲨鱼2018 阅读(189) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中使用conda安装 Pindel 软件

摘要：001、 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release ## 系统版本 CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) [root@PC1 software]# conda --version ## conda版本 conda 4 阅读全文

posted @ 2022-09-19 21:58 小鲨鱼2018 阅读(125) 评论(0) 推荐(0)

centos 7 中使用conda 安装 BreakDancer软件

摘要：001、 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release ## 系统发行版 CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) [root@PC1 software]# conda --version ## conda版本 conda 阅读全文

posted @ 2022-09-19 21:52 小鲨鱼2018 阅读(139) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中如何安装anaconda

摘要：001、查看系统 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.6.1810 (Core) 002、下载anaconda安装包： wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.c 阅读全文

posted @ 2022-09-19 21:47 小鲨鱼2018 阅读(732) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu中：configure: error: htscodecs submodule files not present.

摘要：001、问题：configure: error: htscodecs submodule files not present. 002、解决方法： git pull git submodule update 阅读全文

posted @ 2022-09-17 15:50 小鲨鱼2018 阅读(181) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu中：error: library used but 'RANLIB' is undefined

摘要：001、问题：error: library used but 'RANLIB' is undefined 002、解决方法： apt-get install libtool 参考：https://blog.csdn.net/qq_36393978/article/details/118415300 阅读全文

posted @ 2022-09-17 15:46 小鲨鱼2018 阅读(202) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu中：configure: error: liblzma development files not found

摘要：001、问题：configure: error: liblzma development files not found 002、解决方法： apt-get install liblzma-dev 参考：https://blog.csdn.net/weixin_40640700/article/de 阅读全文

posted @ 2022-09-17 15:33 小鲨鱼2018 阅读(885) 评论(0) 推荐(0)

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