生信 - 随笔分类(第28页) - 小鲨鱼2018

摘要：1、 dat <- read.table("outcome.map") dat split(dat, dat$V1) ## 依据第一列（染色体）直接拆分数据阅读全文

posted @ 2022-05-25 17:33 小鲨鱼2018 阅读(141) 评论(0) 推荐(0)

摘要：1、测试数据读入R dat <- read.table("a.map") dat 2、 class(dat$V1) ## 查看第一列变量类型 chr <- as.factor(dat$V1) ## 转换为因子 chr result <- split(dat, chr) ## 按照因子进行拆分 re 阅读全文

posted @ 2022-05-24 13:04 小鲨鱼2018 阅读(58) 评论(0) 推荐(0)

GO.db包的安装：GO.db package required but is not installed (or can't be loaded)

摘要：001、 BiocManager::install("Biobase") BiocManager::install("GO.db") BiocManager::valid("GO.db") 阅读全文

posted @ 2022-05-24 11:18 小鲨鱼2018 阅读(1589) 评论(0) 推荐(0)

不存在叫'EnsDb.Hsapiens.v86'这个名字的程辑包

摘要：1、不存在叫'EnsDb.Hsapiens.v86'这个名字的程辑包 2、 BiocManager::install("EnsDb.Hsapiens.v86") library(EnsDb.Hsapiens.v86) 阅读全文

posted @ 2022-05-20 11:04 小鲨鱼2018 阅读(454) 评论(0) 推荐(0)

org.Mm.eg.db包的安装

摘要：1、 BiocManager::install("org.Mm.eg.db") library(org.Mm.eg.db) 阅读全文

posted @ 2022-05-15 23:16 小鲨鱼2018 阅读(3291) 评论(0) 推荐(0)

Centos7 安装R语言并安装R包

摘要：来源：https://blog.csdn.net/qq_45322084/article/details/123901724 1.环境安装1.先执行命令安装EPEL仓库 yum install epel-release 2.然后再执行 yum install R 有提示就按 y键即可安装完成输入阅读全文

posted @ 2022-05-02 12:12 小鲨鱼2018 阅读(1056) 评论(0) 推荐(0)

centos 7.9.2009中安装 R、Rstudio-server

摘要：1、查看系统 [root@centos7pc1 software]# lsb_release -a LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch:cxx-4.1-amd64:cxx-4.1-noarch:desktop-4.1-amd64:desktop- 阅读全文

posted @ 2022-05-02 11:38 小鲨鱼2018 阅读(382) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu 20.04 中安装Rstudio-server

摘要：1、查看系统 root@liujiaxinpc1:/home/test# lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Ubuntu Description: Ubuntu 20.04.4 LTS Release: 20.0 阅读全文

posted @ 2022-05-02 10:35 小鲨鱼2018 阅读(1510) 评论(0) 推荐(0)

gtfToGenePred软件的安装

摘要：1、下载地址：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 2、赋予权限 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/software# ll -h total 34M drwxr-xr-x 4 root root 4.0K 阅读全文

posted @ 2022-04-30 00:04 小鲨鱼2018 阅读(1611) 评论(0) 推荐(0)

bwa软件对参考基因组构建索引文件

摘要：1、当参考基因组大于2G时（约20亿个核苷酸，20,0000,0000）：bwa index -a bwtsw xxx.fa 小于2G时（约20亿个核苷酸，20,0000,0000）：bwa index xxx.fa 2、统计参考基因组碱基数目 root@DESKTOP-1N42TVH:/home 阅读全文

posted @ 2022-04-28 00:05 小鲨鱼2018 阅读(3589) 评论(0) 推荐(0)

利用samtools对参考基因组构建索引fai文件

摘要：1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# samtools faidx Arabido 阅读全文

posted @ 2022-04-27 09:54 小鲨鱼2018 阅读(917) 评论(0) 推荐(0)

利用picard对参考基因组构建dict文件

摘要：1、方式1 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# java -jar /home/sof 阅读全文

posted @ 2022-04-27 09:51 小鲨鱼2018 阅读(1851) 评论(0) 推荐(0)

QStandardPaths: XDG_RUNTIME_DIR not set, defaulting to '/tmp/runtime-root'

摘要：1、问题 2、解决方法 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# vim /etc/profile ## 在配置文件末尾追加如下两句 export XDG_RUNTIME_DIR=/usr/lib/ export RUNLEVEL=3 source一下： root@DESK 阅读全文

posted @ 2022-04-27 00:37 小鲨鱼2018 阅读(6244) 评论(0) 推荐(0)

linux 中shell脚本统计参考基因组中碱基的总数目

摘要：1、方法1 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls hg38.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# grep -v "^>" hg38.fa | awk 'BEGIN{sum = 0} {sum += length($0)} END 阅读全文

posted @ 2022-04-26 17:10 小鲨鱼2018 阅读(329) 评论(0) 推荐(0)

configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support

摘要：1、R编译安装出现如下问题： configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support 2、系统 [root@centos7 R- 阅读全文

posted @ 2022-04-06 15:00 小鲨鱼2018 阅读(4072) 评论(0) 推荐(0)

samtools安装报错 configure: WARNING: S3 support not enabled: requires SSL development files

摘要：1、问题samtools安装报错：configure: WARNING: S3 support not enabled: requires SSL development files 2、解决方法： [root@centos7pc1 samtools-1.15]# yum install gcc g 阅读全文

posted @ 2022-04-02 08:31 小鲨鱼2018 阅读(144) 评论(0) 推荐(0)

samtools安装报错 configure: WARNING: libcurl not enabled: library not found

摘要：1、问题samtools安装报错：configure: WARNING: libcurl not enabled: library not found 2、解决方法 [root@centos7pc1 samtools-1.15]# yum install libcurl-devel -y 阅读全文

posted @ 2022-04-02 08:26 小鲨鱼2018 阅读(234) 评论(0) 推荐(0)

samtools安装报错 configure: error: liblzma development files not found

摘要：1、问题 samtools安装报错：configure: error: liblzma development files not found 2、解决方法 [root@centos7pc1 samtools-1.15]# yum install xz-devel -y 阅读全文

posted @ 2022-04-02 08:22 小鲨鱼2018 阅读(778) 评论(0) 推荐(0)

samtools安装报错 configure: error: libbzip2 development files not found

摘要：1、问题samtools安装报错 configure: error: libbzip2 development files not found 2、解决方法 [root@centos7pc1 samtools-1.15]# yum install bzip2-devel -y 阅读全文

posted @ 2022-04-02 08:19 小鲨鱼2018 阅读(843) 评论(0) 推荐(0)

samtools安装报错 configure: error: zlib development files not found

摘要：1、问题 samtools安装报错：configure: error: zlib development files not found 2、解决方法 [root@centos7pc1 samtools-1.15]# yum install zlib zlib-devel 阅读全文

posted @ 2022-04-02 08:16 小鲨鱼2018 阅读(612) 评论(0) 推荐(0)

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